Label-free quantitative proteomic analysis of adult Drosophila heads.
Label-free quantitative proteomic analysis of adult Drosophila heads.
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DOI：
10.1016/j.xpro.2022.101830
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发表时间：
2022-12-16
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Nezis, Ioannis P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang, Yan;Nezis, Ioannis P.
含LIR基序的蛋白质（LIRCP）与Atg 8家族蛋白质的LDS（LIR基序对接位点）结合。在本协议中，我们描述了步骤，以确定果蝇LIRCPs，在Atg 8a LDS突变体，我们已经创建，通过无标记的定量蛋白质组学分析。我们详细介绍了从成年果蝇头部提取蛋白质的步骤，然后进行液相色谱-质谱（LC-MS/MS）分析。我们还描述了Atg 8a LDS突变体中上调蛋白的筛选步骤，从而鉴定出果蝇中的新型LIRCPs。有关本方案使用和执行的完整详细信息，请参阅。一个协议，用于确定蛋白质从成年果蝇头过滤辅助样品制备程序的详细程序，为MS为基础的定量蛋白质组学的详细程序介绍了一个详细的介绍MaxQuant工作流程的无标记分析出版商的说明：进行任何实验方案需要遵守当地机构的指导方针，实验室的安全和道德。含LIR基序的蛋白质（LIRCP）与Atg 8家族蛋白质的LDS（LIR基序对接位点）结合。在本协议中，我们描述了步骤，以确定果蝇LIRCPs，在Atg 8a LDS突变体，我们已经创建，通过无标记的定量蛋白质组学分析。我们详细介绍了从成年果蝇头部提取蛋白质的步骤，然后进行液相色谱-质谱（LC-MS/MS）分析。我们还描述了Atg 8a LDS突变体中上调蛋白的筛选步骤，从而鉴定出果蝇中的新型LIRCPs。
LIR motif-containing proteins (LIRCPs) bind to LDS (LIR motif docking site) of Atg8-family proteins. In this protocol, we describe steps to identify Drosophila LIRCPs, in Atg8a LDS mutants we have created, via label-free quantitative proteomic analysis. We detail steps for extraction of proteins from adult Drosophila heads, followed by liquid chromatography–mass spectrometry (LC-MS/MS) analysis. We also describe screening steps of upregulated proteins in Atg8a LDS mutants, leading to identification of novel LIRCPs in Drosophila. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to. A protocol for identifying proteins from adult Drosophila heads Filter-aided sample preparation procedures are elaborated Detailed procedure for MS-based quantitative proteomics is presented A detailed presentation of MaxQuant workflow for label-free analysis Publisher’s note: Undertaking any experimental protocol requires adherence to local institutional guidelines for laboratory safety and ethics. LIR motif-containing proteins (LIRCPs) bind to LDS (LIR motif docking site) of Atg8-family proteins. In this protocol, we describe steps to identify Drosophila LIRCPs, in Atg8a LDS mutants we have created, via label-free quantitative proteomic analysis. We detail steps for extraction of proteins from adult Drosophila heads, followed by liquid chromatography–mass spectrometry (LC-MS/MS) analysis. We also describe screening steps of upregulated proteins in Atg8a LDS mutants, leading to identification of novel LIRCPs in Drosophila.
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