Geppetto: a reusable modular open platform for exploring neuroscience data and models.
Geppetto: a reusable modular open platform for exploring neuroscience data and models.
复制标题
DOI：
10.1098/rstb.2017.0380
复制
发表时间：
2018-09-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Idili G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cantarelli M;Marin B;Quintana A;Earnshaw M;Court R;Gleeson P;Dura-Bernal S;Silver RA;Idili G
Geppetto是一个开源平台，可提供通用中间件基础架构，用于在线和桌面工具，以可视化神经科学模型和数据以及管理模拟的基础。 ），研究人员使用神经元-UI和Netpyne-UI创建和可视化计算神经科学模型Neuroml并通过浏览器模拟它们。广泛使用的神经元模拟环境，用于使用神经元的网络建模的Netpyne。所有这些应用程序都使用的抽象来表示其模型和数据，并提供了一组模块和组件，以高度访问的方式集成，可视化和控制模拟。以及高度可定制的前端。
本文是讨论问题的一部分，“与行为的连接：在蜂窝分辨率下建模秀丽隐杆线”。
Geppetto is an open-source platform that provides generic middleware infrastructure for building both online and desktop tools for visualizing neuroscience models and data and managing simulations. Geppetto underpins a number of neuroscience applications, including Open Source Brain (OSB), Virtual Fly Brain (VFB), NEURON-UI and NetPyNE-UI. OSB is used by researchers to create and visualize computational neuroscience models described in NeuroML and simulate them through the browser. VFB is the reference hub for Drosophila melanogaster neural anatomy and imaging data including neuropil, segmented neurons, microscopy stacks and gene expression pattern data. Geppetto is also being used to build a new user interface for NEURON, a widely used neuronal simulation environment, and for NetPyNE, a Python package for network modelling using NEURON. Geppetto defines domain agnostic abstractions used by all these applications to represent their models and data and offers a set of modules and components to integrate, visualize and control simulations in a highly accessible way. The platform comprises a backend which can connect to external data sources, model repositories and simulators together with a highly customizable frontend. This article is part of a discussion meeting issue ‘Connectome to behaviour: modelling C. elegans at cellular resolution’.
登录
查看更多内容
影响因子：
3.5
作者：
Sanz Leon P;Knock SA;Woodman MM;Domide L;Mersmann J;McIntosh AR;Jirsa V
通讯作者：
Jirsa V
影响因子：
3
作者：
Husz ZL;Burton N;Hill B;Milyaev N;Baldock RA
通讯作者：
Baldock RA
影响因子：
3.5
作者：
Bednar JA
通讯作者：
Bednar JA
影响因子：
3
作者：
Cannon, Robert C.;Gewaltig, Marc-Oliver;De Schutter, Erik
通讯作者：
De Schutter, Erik
影响因子：
3
作者：
Djurfeldt, Mikael;Hjorth, Johannes;Ekeberg, Orjan
通讯作者：
Ekeberg, Orjan