DDBJ update: streamlining submission and access of human data.
DDBJ update: streamlining submission and access of human data.
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DOI：
10.1093/nar/gkaa982
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发表时间：
2021-01-08
影响因子：
14.9
通讯作者：
Ogasawara O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fukuda A;Kodama Y;Mashima J;Fujisawa T;Ogasawara O
生物信息和 DDBJ 中心（DDBJ 中心，https://www.ddbj.nig.ac.jp）提供捕获、保存和传播各种生物数据的数据库，以支持生命科学研究。该中心与国家生物技术信息中心 (NCBI) 和欧洲生物信息学研究所 (EBI) 合作，收集带有注释的核苷酸序列、原始测序数据和来自高通量测序平台的比对信息以及研究和样本信息。这个协作框架被称为国际核苷酸序列数据库协作（INSDC）。 DDBJ 中心与国家生物科学数据库中心 (NBDC) 合作，还提供受控访问数据库，即日本基因型-表型档案库 (JGA)，该数据库存档和分发需要授权访问的人类基因型和表型数据。 NBDC 制定共享人类数据的指南和政策，并审查数据提交和使用申请。为了简化 NBDC 和 JGA 的所有流程，我们于 2020 年 9 月引入了集团结构的统一登录平台，整合了两个系统。除了公共数据库外，DDBJ 中心还提供计算机资源 NIG 超级计算机，供国内研究人员分析大规模基因组数据。本报告介绍了 DDBJ 中心服务的更新，重点关注 NBDC 和 JGA 系统的增强。
The Bioinformation and DDBJ Center (DDBJ Center, https://www.ddbj.nig.ac.jp) provides databases that capture, preserve and disseminate diverse biological data to support research in the life sciences. This center collects nucleotide sequences with annotations, raw sequencing data, and alignment information from high-throughput sequencing platforms, and study and sample information, in collaboration with the National Center for Biotechnology Information (NCBI) and the European Bioinformatics Institute (EBI). This collaborative framework is known as the International Nucleotide Sequence Database Collaboration (INSDC). In collaboration with the National Bioscience Database Center (NBDC), the DDBJ Center also provides a controlled-access database, the Japanese Genotype–phenotype Archive (JGA), which archives and distributes human genotype and phenotype data, requiring authorized access. The NBDC formulates guidelines and policies for sharing human data and reviews data submission and use applications. To streamline all of the processes at NBDC and JGA, we have integrated the two systems by introducing a unified login platform with a group structure in September 2020. In addition to the public databases, the DDBJ Center provides a computer resource, the NIG supercomputer, for domestic researchers to analyze large-scale genomic data. This report describes updates to the services of the DDBJ Center, focusing on the NBDC and JGA system enhancements.
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影响因子：
14.9
作者：
Kodama Y;Shumway M;Leinonen R;International Nucleotide Sequence Database Collaboration
通讯作者：
International Nucleotide Sequence Database Collaboration
影响因子：
14.9
作者：
Tryka KA;Hao L;Sturcke A;Jin Y;Wang ZY;Ziyabari L;Lee M;Popova N;Sharopova N;Kimura M;Feolo M
通讯作者：
Feolo M
影响因子：
30.8
作者：
Lappalainen I;Almeida-King J;Kumanduri V;Senf A;Spalding JD;Ur-Rehman S;Saunders G;Kandasamy J;Caccamo M;Leinonen R;Vaughan B;Laurent T;Rowland F;Marin-Garcia P;Barker J;Jokinen P;Torres AC;de Argila JR;Llobet OM;Medina I;Puy MS;Alberich M;de la Torre S;Navarro A;Paschall J;Flicek P
通讯作者：
Flicek P
影响因子：
14.9
作者：
Ogasawara, Osamu;Kodama, Yuichi;Fujisawa, Takatomo
通讯作者：
Fujisawa, Takatomo
DOI：
10.1007/978-1-4939-9173-0_13
发表时间：
2019-01-01
期刊：
GENE PREDICTION: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Tanizawa, Yasuhiro;Fujisawa, Takatomo;Nakamura, Yasukazu
通讯作者：
Nakamura, Yasukazu