In vitro production and multiplex quantification of 2',3'-cyclic phosphate-containing 5'-tRNA half molecules.
In vitro production and multiplex quantification of 2',3'-cyclic phosphate-containing 5'-tRNA half molecules.
复制标题
含2 '，3'-环磷酸酯的5 '-tRNA半分子的体外产生和多重定量。
DOI：
10.1016/j.ymeth.2021.04.024
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发表时间：
2022-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kirino Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kawamura T;Shigematsu M;Kirino Y
RNA被许多核糖核酸酶切割产生在其3′-末端含有2′，3 ′-环磷酸（cP）的RNA分子，并且许多含cP的RNA（cP-RNA）在细胞和组织中表达为功能分子。5′-tRNA半分子是一类典型的cP-RNA，在多种生物学过程中发挥着重要作用。我们在这里展示了体外生产含cP的5′-tRNA半分子，其能够制备足够用于功能分析的大量合成cP-RNA。此外，我们还报道了一种多重TaqMan RT-qPCR方法，该方法可以同时定量多个含cP的5′-tRNA半种。该方法使我们能够使用有限量的样品（如人血浆样品）有效地定量5 '-tRNA半体，揭示了结核分枝杆菌感染患者中5'-tRNA半体水平的急剧增强，约为1000倍。这些体外生产和多重定量方法可应用于任何cP-RNA，它们提供了具有成本效益的内部技术，以加速5′-tRNA半体和其他cP-RNA的表达和功能表征。
RNA cleavages by many ribonucleases generate RNA molecules that contain a 2′,3′-cyclic phosphate (cP) at their 3′-termini, and many cP-containing RNAs (cP-RNAs) are expressed as functional molecules in cells and tissues. 5′-tRNA half molecules are representative examples of functional cP-RNAs, playing important roles in various biological processes. We here show in vitro production of cP-containing 5′-tRNA half molecules that is able to prepare abundant synthetic cP-RNAs enough for functional analyses. Furthermore, we report a multiplex TaqMan RT-qPCR method which can simultaneously quantify multiple cP-containing 5′-tRNA half species. The method enabled us to efficiently quantify 5′-tRNA halves using samples with limited amounts, such as human plasma samples, revealing drastic enhancement of 5′-tRNA half levels at approximately 1000-fold in patients infected with Mycobacterium tuberculosis. These in vitro production and multiplex quantification methods can be applied to any cP-RNAs, and they provide cost-effective, in-house techniques to accelerate expressional and functional characterizations of 5′-tRNA halves and other cP-RNAs.
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DOI：
10.1073/pnas.1714397115
发表时间：
2018-06-05
影响因子：
11.1
作者：
Max KEA;Bertram K;Akat KM;Bogardus KA;Li J;Morozov P;Ben-Dov IZ;Li X;Weiss ZR;Azizian A;Sopeyin A;Diacovo TG;Adamidi C;Williams Z;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
感染诱导的Trnahisgug的5 half分子激活类似收费的受体7。
影响因子：
9.8
作者：
Pawar K;Shigematsu M;Sharbati S;Kirino Y
通讯作者：
Kirino Y
影响因子：
14.8
作者：
Honda S;Morichika K;Kirino Y
通讯作者：
Kirino Y
影响因子：
14.9
作者：
Schürer, H;Lang, K;Mörl, M
通讯作者：
Mörl, M
影响因子：
2.9
作者：
SPORN, MB;LAZARUS, HM;HENDERSON, WR
通讯作者：
HENDERSON, WR