High-resolution cryo-EM structure of the Shigella virus Sf6 genome delivery tail machine.
High-resolution cryo-EM structure of the Shigella virus Sf6 genome delivery tail machine.
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DOI：
10.1126/sciadv.adc9641
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发表时间：
2022-12-09
期刊：
影响因子：
13.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Sf6 是一种感染人类病原体福氏志贺氏菌的细菌病毒。在这里，我们描述了 DNA 喷射之前 Sf6 尾部机器的冷冻电子显微镜结构，我们以 2.7 埃的分辨率确定了该结构。我们构建了所有尾部组件的从头结构，并解决了四个对称不匹配的界面。出乎意料的是，我们发现尾部存在两种构象，相对于衣壳旋转约6°。两个尾部构象体在结构上是相同的，但唯一不同之处在于入口和头尾接头羧基末端如何与五重顶点的衣壳结合，类似于以两种不同状态固定在五爪环上的钻石。因此，在成熟的Sf6尾部中，门户结构不会局部变形以适应对称性失配，而是存在于以离散角度旋转的两个能量最小值中。我们认为 Sf6 尾部的设计原则在 P22 类 Podoviridae 中是保守的。冷冻电镜揭示了志贺氏菌 Sf6 尾部装置的构建模块、组装和对称性不匹配。
Sf6 is a bacterial virus that infects the human pathogen Shigella flexneri. Here, we describe the cryo–electron microscopy structure of the Sf6 tail machine before DNA ejection, which we determined at a 2.7-angstrom resolution. We built de novo structures of all tail components and resolved four symmetry-mismatched interfaces. Unexpectedly, we found that the tail exists in two conformations, rotated by ~6° with respect to the capsid. The two tail conformers are identical in structure but differ solely in how the portal and head-to-tail adaptor carboxyl termini bond with the capsid at the fivefold vertex, similar to a diamond held over a five-pronged ring in two nonidentical states. Thus, in the mature Sf6 tail, the portal structure does not morph locally to accommodate the symmetry mismatch but exists in two energetic minima rotated by a discrete angle. We propose that the design principles of the Sf6 tail are conserved across P22-like Podoviridae. Cryo-EM reveals the building blocks, assembly, and symmetry mismatches of the Shigella virus Sf6 tail apparatus.
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DOI：
10.1099/13500872-145-7-1649
发表时间：
1999-07-01
期刊：
MICROBIOLOGY-UK
影响因子：
--
作者：
Chua, JEH;Manning, PA;Morona, R
通讯作者：
Morona, R
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
5.6
作者：
Casjens, S;Winn-Stapley, DA;Clark, AJ
通讯作者：
Clark, AJ
影响因子：
14.9
作者：
Davis IW;Leaver-Fay A;Chen VB;Block JN;Kapral GJ;Wang X;Murray LW;Arendall WB 3rd;Snoeyink J;Richardson JS;Richardson DC
通讯作者：
Richardson DC
DOI：
10.1107/s2059798318006551
发表时间：
2018-06-01
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Structural biology
影响因子：
--
作者：
Afonine PV;Poon BK;Read RJ;Sobolev OV;Terwilliger TC;Urzhumtsev A;Adams PD
通讯作者：
Adams PD