PubMatrix: a tool for multiplex literature mining.
PubMatrix: a tool for multiplex literature mining.
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DOI：
10.1186/1471-2105-4-61
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发表时间：
2003-12-10
影响因子：
3
通讯作者：
Engel J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Becker KG;Hosack DA;Dennis G Jr;Lempicki RA;Bright TJ;Cheadle C;Engel J
使用多重策略如cDNA微阵列或蛋白质组学方法的分子实验产生需要生物学解释的大型数据集。最近开发了基于文本的数据挖掘工具来查询这类数据的大型生物数据集。PubMatrix是一种基于网络的工具，允许使用任何两个关键词列表对NCBI文献搜索服务PubMed进行简单的基于文本的挖掘，从而产生术语共现的频率矩阵。例如，一个简单的术语选择过程允许大约1-100个搜索术语与大约1-10个修饰术语的自动成对比较，从而导致多达1,000个成对比较。然后可以对成对比较的矩阵表进行调查、单独查询和存档。关键词列表可以包括目前能够在PubMed中搜索的任何术语。在cDNA微阵列研究的背景下，这可以用于从协调表达的基因簇中注释基因列表。一个相关的PubMatrix公共档案提供了以前的搜索使用常见的有用的关键字术语列表。以这种方式，术语列表，如基因名称或功能分配可以以快速灵活的系统方式分配遗传、生物或临床相关性。
Molecular experiments using multiplex strategies such as cDNA microarrays or proteomic approaches generate large datasets requiring biological interpretation. Text based data mining tools have recently been developed to query large biological datasets of this type of data. PubMatrix is a web-based tool that allows simple text based mining of the NCBI literature search service PubMed using any two lists of keywords terms, resulting in a frequency matrix of term co-occurrence. For example, a simple term selection procedure allows automatic pair-wise comparisons of approximately 1–100 search terms versus approximately 1–10 modifier terms, resulting in up to 1,000 pair wise comparisons. The matrix table of pair-wise comparisons can then be surveyed, queried individually, and archived. Lists of keywords can include any terms currently capable of being searched in PubMed. In the context of cDNA microarray studies, this may be used for the annotation of gene lists from clusters of genes that are expressed coordinately. An associated PubMatrix public archive provides previous searches using common useful lists of keyword terms. In this way, lists of terms, such as gene names, or functional assignments can be assigned genetic, biological, or clinical relevance in a rapid flexible systematic fashion.
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