The Nopp140 gene in Drosophila melanogaster displays length polymorphisms in its large repetitive second exon
The Nopp140 gene in Drosophila melanogaster displays length polymorphisms in its large repetitive second exon
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果蝇中的 Nopp140 基因在其大重复第二外显子中显示出长度多态性
DOI：
10.1007/s00438-019-01568-6
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发表时间：
2019
影响因子：
3.1
通讯作者：
DiMario, Patrick J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Baral, Sonu Shrestha;DiMario, Patrick J.
Nopp140，通常称为核仁和卡哈尔体磷蛋白 (NOLC1)，是一种进化上保守的伴侣，用于核糖体亚基组装过程中 rRNA 的转录和加工。后生动物 Nopp140 包含氨基末端 LisH 二聚化结构域和高度保守的羧基结构域。一个大的中心结构域由低序列复杂性的交替碱性和酸性基序组成。 Nopp140 的直系同源版本包含不同数量的重复碱性-酸性单元。脊椎动物的Nopp140基因使用多个外显子来编码中央结构域，而果蝇中的Nopp140基因仅使用外显子2来编码中央结构域。在这里，我们在 D 的中心域内定义了三个重叠的重复序列模式（P、P' 和 P''）。黑腹果蝇Nopp140。这些重复模式在其他果蝇物种中保守性较差。我们还描述了外显子 2 中的长度多态性，该多态性专门与 D 中的 P' 模式相关。黑腹果蝇。该模式显示两个或三个 96 碱基对重复，分别称为 Nopp140-Short 和 Nopp140-Long。一个或另一个等位基因纯合的蝇系，或两个等位基因杂合的蝇系，没有显示出可辨别的表型。长等位基因和短等位基因的 PCR 表征表明，存在一种定义不明确的人为偏差，即倾向于扩增长等位基因而不是短等位基因。这种多态性的重要性在于辨别 Nopp140 的大中央结构域在 rDNA 转录和核糖体生物合成中很大程度上未知的特性。
Nopp140, often called the nucleolar and Cajal body phosphoprotein (NOLC1), is an evolutionarily conserved chaperone for the transcription and processing of rRNA during ribosome subunit assembly. Metazoan Nopp140 contains an amino terminal LisH dimerization domain and a highly conserved carboxyl domain. A large central domain consists of alternating basic and acidic motifs of low sequence complexity. Orthologous versions of Nopp140 contain variable numbers of repeating basic–acidic units. While vertebrateNopp140genes use multiple exons to encode the central domain, theNopp140gene inDrosophilauses exclusively exon 2 to encode the central domain. Here, we define three overlapping repeat sequence patterns (P, P′, and P″) within the central domain ofD. melanogasterNopp140. These repeat patterns are poorly conserved in otherDrosophilaspecies. We also describe a length polymorphism in exon 2 that pertains specifically to the P′ pattern inD. melanogaster. The pattern displays either two or three 96 base pair repeats, respectively, referred to asNopp140-ShortandNopp140-Long. Fly lines homozygous for one or the other allele, or heterozygous for both alleles, show no discernible phenotypes. PCR characterization of the long and short alleles shows a poorly defined, artifactual bias toward amplifying the long allele over the short allele. The significance of this polymorphism will be in discerning the largely unknown properties of Nopp140’s large central domain in rDNA transcription and ribosome biogenesis.
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DOI：
10.1016/s0021-9258(19)84375-2
发表时间：
1996-08
期刊：
The Journal of biological chemistry
影响因子：
--
作者：
U. Meier
通讯作者：
U. Meier
影响因子：
--
作者：
Kelly, S.;Singleton, W.;Gull, K.
通讯作者：
Gull, K.
影响因子：
5.3
作者：
Hung-Kai Chen;C. Pai;Jingrong Huang;N. Yeh
通讯作者：
Hung-Kai Chen;C. Pai;Jingrong Huang;N. Yeh
DOI：
10.1016/j.biocel.2008.10.026
发表时间：
2009-06
影响因子：
4
作者：
Sakai, Daisuke;Trainor, Paul A.
通讯作者：
Trainor, Paul A.
DOI：
10.1073/pnas.94.7.3110
发表时间：
1997-04-01
影响因子：
11.1
作者：
Wise, CA;Chiang, LC;Jabs, EW
通讯作者：
Jabs, EW