Real-time primer design for DNA chips
Real-time primer design for DNA chips
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DNA 芯片实时引物设计
DOI：
10.1109/ipdps.2003.1213288
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发表时间：
2003
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
R. Männer
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
H. Simmler;H. Singpiel;R. Männer
PCR 或 DNA 芯片实验的设计是一个耗时的过程，其中广泛使用生物信息学。固定在 DNA 芯片上的引物的选择需要复杂的算法。根据多个参数，自动检测给定基因序列的一组优化引物。本文描述了一种在硬件加速器上执行引物选择优化的并行架构。与纯软件方法相比，并行架构使用基于 PCI 的硬件加速器获得了 500 倍的加速。这种方法可以实时优化指定的引物组。
The design of PCR or DNA chip experiments is a time consuming process where bioinformatics is extensively used. The selection of the primers, which are immobilized on the DNA chip, requires a complex algorithm. Based on several parameters an optimized set of primers is automatically detected for a given gene sequence. This paper describes a parallel architecture which performs the optimization of the primer selection on a hardware accelerator. In contrast to the pure software approach, the parallel architecture gains a speedup of factor 500 using a PCI based hardware accelerator. This approach allows an optimization of a specified primer set in real-time.
DOI：
10.1073/pnas.83.24.9373
发表时间：
1986-12-01
影响因子：
11.1
作者：
FREIER, SM;KIERZEK, R;TURNER, DH
通讯作者：
TURNER, DH
DOI：
10.1073/pnas.83.11.3746
发表时间：
1986-06-01
影响因子：
11.1
作者：
BRESLAUER, KJ;FRANK, R;MARKY, LA
通讯作者：
MARKY, LA