Quantifying similarity between motifs.
Quantifying similarity between motifs.
复制标题
量化基序之间的相似性。
DOI：
10.1186/gb-2007-8-2-r24
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发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Noble WS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gupta S;Stamatoyannopoulos JA;Bailey TL;Noble WS
Tomtom允许对基序对之间的相似性进行统计测量，从而允许使用基序查询搜索基序数据库。在de novo motif发现的背景下，一个常见的问题是新发现的、假定的motif是否与现有数据库中先前发现的motif相似。为了回答这个问题，我们定义了一个motif-motif相似性的统计度量，并描述了一个名为Tomtom的算法，用于搜索具有给定查询motif的motif数据库。实验验证了Tomtom的E值的准确性和寻找相似基序的有效性。
Tomtom allows for the statistical measurement of similarity between pairs of motifs, thereby enabling searching a motif database with a motif query. A common question within the context of de novo motif discovery is whether a newly discovered, putative motif resembles any previously discovered motif in an existing database. To answer this question, we define a statistical measure of motif-motif similarity, and we describe an algorithm, called Tomtom, for searching a database of motifs with a given query motif. Experimental simulations demonstrate the accuracy of Tomtom's E values and its effectiveness in finding similar motifs.
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