Densely interconnected transcriptional circuits control cell states in human hematopoiesis.
Densely interconnected transcriptional circuits control cell states in human hematopoiesis.
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DOI：
10.1016/j.cell.2011.01.004
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发表时间：
2011-01-21
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Ebert BL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Novershtern N;Subramanian A;Lawton LN;Mak RH;Haining WN;McConkey ME;Habib N;Yosef N;Chang CY;Shay T;Frampton GM;Drake AC;Leskov I;Nilsson B;Preffer F;Dombkowski D;Evans JW;Liefeld T;Smutko JS;Chen J;Friedman N;Young RA;Golub TR;Regev A;Ebert BL
虽然已知许多单独的转录因子调节造血分化，但全球造血结构的主要方面仍不清楚。在这里，我们分析了38个不同的人类造血细胞纯化群体的基因表达，并使用基因表达的概率模型和基因启动子中顺式元件的分析来破译其调节电路的一般组织。我们鉴定了高度共表达的基因模块，其中一些仅限于单一谱系，但大多数在多个谱系中以不同的水平表达。我们发现了紧密相连的顺式调节电路和大量转录因子，它们在不同的造血状态下存在差异表达。这些发现表明，造血调控系统比之前设想的更为复杂。
While many individual transcription factors are known to regulate hematopoietic differentiation, major aspects of the global architecture of hematopoiesis remain unknown. Here, we profiled gene expression in 38 distinct purified populations of human hematopoietic cells and used probabilistic models of gene expression and analysis of cis-elements in gene promoters to decipher the general organization of their regulatory circuitry. We identified modules of highly co-expressed genes, some of which are restricted to a single lineage, but most are expressed at variable levels across multiple lineages. We found densely interconnected cis-regulatory circuits and a large number of transcription factors that are differentially expressed across hematopoietic states. These findings suggest a more complex regulatory system for hematopoiesis than previously assumed.
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影响因子：
20.3
作者：
Lee, Han M.;Zhang, Hui;Forget, Bernard G.
通讯作者：
Forget, Bernard G.
DOI：
10.1126/science.1179050
发表时间：
2009-10-09
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Amit I;Garber M;Chevrier N;Leite AP;Donner Y;Eisenhaure T;Guttman M;Grenier JK;Li W;Zuk O;Schubert LA;Birditt B;Shay T;Goren A;Zhang X;Smith Z;Deering R;McDonald RC;Cabili M;Bernstein BE;Rinn JL;Meissner A;Root DE;Hacohen N;Regev A
通讯作者：
Regev A
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
5.3
作者：
Bakker, Walbert J.;van Dijk, Thamar B.;von Lindern, Marieke
通讯作者：
von Lindern, Marieke
影响因子：
8
作者：
Cantor, AB;Orkin, SH
通讯作者：
Orkin, SH