PocketOptimizer and the Design of Ligand Binding Sites.
PocketOptimizer and the Design of Ligand Binding Sites.
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PocketOptimizer 和配体结合位点的设计
DOI：
10.1007/978-1-4939-3569-7_5
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发表时间：
2016
影响因子：
--
通讯作者：
Höcker
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nellen;Höcker
PocketOptimizer是最近开发的一种设计蛋白质结合口袋的计算方法。从蛋白质结构开始，现有的小分子结合口袋被优化用于识别新的配体。该模块化程序使用受体-配体评分函数来估计结合自由能，预测将提高靶小分子与感兴趣蛋白质的亲和力的突变。PocketOptimizer已经在一个全面的基准测试中进行了测试，预测的突变也已经在实验测试中使用。在本章中，我们将提供一般的使用建议，以及对所有单个PocketOptimizer模块的深入描述。
PocketOptimizer is a computational method to design protein binding pockets that has been recently developed. Starting from a protein structure an existing small molecule binding pocket is optimized for the recognition of a new ligand. The modular program predicts mutations that will improve the affinity of a target small molecule to the protein of interest using a receptor–ligand scoring function to estimate the binding free energy. PocketOptimizer has been tested in a comprehensive benchmark and predicted mutations have also been used in experimental tests. In this chapter, we will provide general recommendations for usage as well as an in-depth description of all individual PocketOptimizer modules.
影响因子：
3
作者：
Trott, Oleg;Olson, Arthur J.
通讯作者：
Olson, Arthur J.
影响因子：
5.6
作者：
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通讯作者：
Kortemme, Tanja
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作者：
O. Kohlbacher
通讯作者：
O. Kohlbacher