A framework for gene mapping in wheat demonstrated using the Yr7 yellow rust resistance gene
A framework for gene mapping in wheat demonstrated using the Yr7 yellow rust resistance gene
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使用 Yr7 黄锈病抗性基因展示的小麦基因图谱框架
DOI：
10.1101/793604
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发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Gardiner L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gardiner L
我们使用了三种方法来绘制小麦抗黄锈基因yr7的图谱，并鉴定出相关的snp。首先，我们使用传统的QTL定位方法，利用双单倍体（DH）群体，将dyr7定位到2B染色体的低重组区域。为了精细地映射QTL，我们使用了关联映射面板。两个群体都进行了SNP阵列基因分型，允许基于共同分离SNP的QTL对齐和全基因组关联扫描。对跨越QTL区间的关联面板进行分析，将区间缩小到单个单倍型块。最后，我们使用抗性和易感DH块的测序定位，在区间中确定一个与先前建议的dyr7候选基因具有高度同源性的候选基因，并用更高密度的多态性填充它们。我们强调了结合测序图谱的力量，在高重组、低LD精度的关联图谱中提供了基于基因的分离多态性的完整列表。我们的测序定位方法适用于任何性状，我们的结果验证了小麦的方法，其中有一个接近完整的参考基因组序列，我们能够定义一个包含致病基因的小区间。
We used three approaches to map the yellow rust resistance geneYr7and identify associated SNPs in wheat. First, we used a traditional QTL mapping approach using a double haploid (DH) population and mappedYr7to a low-recombination region of chromosome 2B. To fine map the QTL, we then used an association mapping panel. Both populations were SNP array genotyped allowing alignment of QTL and genome-wide association scans based on common segregating SNPs. Analysis of the association panel spanning the QTL interval, narrowed the interval down to a single haplotype block. Finally, we used mapping-by-sequencing of resistant and susceptible DH bulks to identify a candidate gene in the interval showing high homology to a previously suggestedYr7candidate and to populate theYr7interval with a higher density of polymorphisms. We highlight the power of combining mapping-by-sequencing, delivering a complete list of gene-based segregating polymorphisms in the interval with the high recombination, low LD precision of the association mapping panel. Our mapping-by-sequencing methodology is applicable to any trait and our results validate the approach in wheat, where with a near complete reference genome sequence, we are able to define a small interval containing the causative gene.
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开发具有固定在 DNA 折纸上的功能蛋白的分子开关
DOI：
--
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
--
作者：
Tien Anh Ngo;Eiji Nakata;Masayuki Saimura;Tsutomu Kodaki;Takashi Morii;Chiara ANNONI・Fong Fong Liew・Shun Nakano・Eiji Nakata・Maria LuisaGELMI・Takashi Morii;森井孝・中田栄司・仲野瞬;中田栄司・Ngo Tien Anh・仲野瞬・才村正幸・小瀧努・森井孝
通讯作者：
中田栄司・Ngo Tien Anh・仲野瞬・才村正幸・小瀧努・森井孝
影响因子：
13.8
作者：
Wang S;Wong D;Forrest K;Allen A;Chao S;Huang BE;Maccaferri M;Salvi S;Milner SG;Cattivelli L;Mastrangelo AM;Whan A;Stephen S;Barker G;Wieseke R;Plieske J;International Wheat Genome Sequencing Consortium;Lillemo M;Mather D;Appels R;Dolferus R;Brown-Guedira G;Korol A;Akhunova AR;Feuillet C;Salse J;Morgante M;Pozniak C;Luo MC;Dvorak J;Morell M;Dubcovsky J;Ganal M;Tuberosa R;Lawley C;Mikoulitch I;Cavanagh C;Edwards KJ;Hayden M;Akhunov E
通讯作者：
Akhunov E
影响因子：
56.9
作者：
Appels, Rudi;Eversole, Kellye;Uauy, Cristobal
通讯作者：
Uauy, Cristobal
影响因子：
3.1
作者：
Agenbag, G. M.;Pretorius, Z. A.;Prins, R.
通讯作者：
Prins, R.
影响因子：
13.8
作者：
Allen, Alexandra M.;Barker, Gary L. A.;Edwards, Keith J.
通讯作者：
Edwards, Keith J.