Entropy-regularized deconvolution of cellular cryotransmission electron tomograms.
Entropy-regularized deconvolution of cellular cryotransmission electron tomograms.
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DOI：
10.1073/pnas.2108738118
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发表时间：
2021-12-14
影响因子：
11.1
通讯作者：
Sedat J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Croxford M;Elbaum M;Arigovindan M;Kam Z;Agard D;Villa E;Sedat J
细胞低温电子断层扫描由于在倾斜序列采集过程中未收集到的信息缺失楔形而严重损害了Z分辨率。本文表明，将熵正则化反卷积应用于透射电子断层扫描实质上填补了这些缺失的信息，从而提高了Z分辨率，更好地解释了细胞结构。低温电子断层扫描（cryo-ET）允许生物大分子的高分辨率可视化。然而，该技术受到低信噪比（SNR）和不同频率下对比度方差以及Z分辨率降低的限制。本文采用熵正则化反卷积（ER-DC）技术对透射电子显微镜（TEM）数据进行处理，并利用加权反投影（WBP）进行重构。我们将反褶积应用于几个原位冷冻et数据集，并通过傅里叶分析和亚层析分析（STA）评估结果。
Cellular cryo-electron tomography suffers from severely compromised Z resolution due to the missing wedges of information not collected during the acquisition of tilt series. This paper shows that application of entropy-regularized deconvolution to transmission electron tomography substantially fills in this missing information, allowing for improved Z resolution and better interpretation of cellular structures. Cryo-electron tomography (cryo-ET) allows for the high-resolution visualization of biological macromolecules. However, the technique is limited by a low signal-to-noise ratio (SNR) and variance in contrast at different frequencies, as well as reduced Z resolution. Here, we applied entropy-regularized deconvolution (ER-DC) to cryo-ET data generated from transmission electron microscopy (TEM) and reconstructed using weighted back projection (WBP). We applied deconvolution to several in situ cryo-ET datasets and assessed the results by Fourier analysis and subtomogram analysis (STA).
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影响因子：
3
作者：
Fernández, JJ;Li, S
通讯作者：
Li, S
影响因子：
3
作者：
Frangakis, AS;Hegerl, R
通讯作者：
Hegerl, R
DOI：
10.1073/pnas.1701367114
发表时间：
2017-04-25
影响因子：
11.1
作者：
Fukuda, Yoshiyuki;Beck, Florian;Baumeister, Wolfgang
通讯作者：
Baumeister, Wolfgang
影响因子：
48
作者：
Bepler, Tristan;Morin, Andrew;Berger, Bonnie
通讯作者：
Berger, Bonnie
影响因子：
6.8
作者：
Briggs, John A. G.
通讯作者：
Briggs, John A. G.