PrimerBank: a PCR primer database for quantitative gene expression analysis, 2012 update.
PrimerBank: a PCR primer database for quantitative gene expression analysis, 2012 update.
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DOI：
10.1093/nar/gkr1013
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发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Seed B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang X;Spandidos A;Wang H;Seed B
聚合酶链反应（PCR）和定量PCR （qPCR）引物序列的优化和反应条件的优化仍然是一个实验难题。我们开发了一个资源，PrimerBank，其中包含引物，可以在严格的等位基因不变扩增条件下用于PCR和qPCR。PrimerBank的一个显著特点是对涵盖大多数已知小鼠基因的引物对进行实验验证。在这里，我们描述了PrimerBank的主要更新，包括设计新的引物，分别覆盖人类和小鼠物种的17076和18086个基因。此次更新的结果是，PrimerBank包含497 156个引物（比以前的版本增加62%），涵盖36928个人类和小鼠基因，对应于所有已知蛋白质编码基因序列的94%左右。基于我们先前方法的更新算法被用于设计新的引物，该引物使用了国家生物技术信息中心（NCBI）提供的当前基因组信息。PrimerBank引物在统一的PCR条件下工作，可用于高通量或全基因组qPCR。由于其更宽的线性动态范围和更高的灵敏度，qPCR方法被用于重新分析由微阵列和RNA-Seq等探索性技术提示的表达变化。引物及所有实验验证数据可从PrimerBank网站http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/免费获取。
Optimization of primer sequences for polymerase chain reaction (PCR) and quantitative PCR (qPCR) and reaction conditions remains an experimental challenge. We have developed a resource, PrimerBank, which contains primers that can be used for PCR and qPCR under stringent and allele-invariant amplification conditions. A distinguishing feature of PrimerBank is the experimental validation of primer pairs covering most known mouse genes. Here, we describe a major update of PrimerBank that includes the design of new primers covering 17 076 and 18 086 genes for the human and mouse species, respectively. As a result of this update, PrimerBank contains 497 156 primers (an increase of 62% from the previous version) that cover 36 928 human and mouse genes, corresponding to around 94% of all known protein-coding gene sequences. An updated algorithm based on our previous approach was used to design new primers using current genomic information available from the National Center for Biotechnology Information (NCBI). PrimerBank primers work under uniform PCR conditions, and can be used for high-throughput or genome-wide qPCR. Because of their broader linear dynamic range and greater sensitivity, qPCR approaches are used to reanalyze changes in expression suggested by exploratory technologies such as microarrays and RNA-Seq. The primers and all experimental validation data can be freely accessed from the PrimerBank website, http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/.
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