Bioinformatic mining of EST-SSR loci in the Pacific oyster, Crassostrea gigas.
Bioinformatic mining of EST-SSR loci in the Pacific oyster, Crassostrea gigas.
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太平洋牡蛎巨牡蛎 EST-SSR 位点的生物信息挖掘。
DOI：
10.1111/j.1365-2052.2008.01701.x
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发表时间：
2008-06
期刊：
影响因子：
2.4
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
通过对GenBank公共数据库的生物信息挖掘，开发了一套太平洋牡蛎（Crassostrea gigas）的EST-SSR标记。截至2007年6月30日，共从GenBank中下载了5132个EST序列，并筛选了二，三和四核苷酸重复序列，标准分别为最小5，4和4个重复序列的三种类型的SSR。17个多态性微卫星标记进行了表征。等位基因数在3 ~ 10个之间，观察杂合度在0.125 ~ 0.770之间，期望杂合度在0.113 ~ 0.732之间。11个位点处于Hardy-Weinberg平衡（HWE），其余6个位点与HWE的偏离极显著（P < 0.01），提示可能存在无效等位基因。两两连锁不平衡检验表明，136对位点中有11对位点的连锁不平衡显著（P < 0.01），可能是由于单个标记存在HWE。对其他5种牡蛎进行了跨种扩增，得到了合理的结果，这些标记在牡蛎遗传学研究中有很好的应用前景。
A set of expressed sequence tag-simple sequence repeat (EST-SSR) markers of the Pacific oyster, Crassostrea gigas, was developed through bioinformatic mining of the GenBank public database. As of June 30, 2007, a total of 5132 EST sequences from GenBank were downloaded and screened for di-, tri- and tetra-nucleotide repeats, with criteria set at a minimum of 5, 4 and 4 repeats for the three categories of SSRs respectively. Seventeen polymorphic microsatellite markers were characterized. Allele numbers ranged from 3 to 10, and the observed and expected heterozygosity values varied from 0.125 to 0.770 and from 0.113 to 0.732 respectively. Eleven loci were at Hardy-Weinberg equilibrium (HWE); the other six loci showed significant departure from HWE (P < 0.01), suggesting possible presence of null alleles. Pairwise check of linkage disequilibrium (LD) indicated that 11 of 136 pairs of loci showed significant LD (P < 0.01), likely due to HWE present in single markers. Cross-species amplification was examined for five other Crassostrea species and reasonable results were obtained, promising usefulness of these markers in oyster genetics.
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DOI：
10.1046/j.1471-8286.2003.00406.x
发表时间：
2003-06-01
期刊：
MOLECULAR ECOLOGY NOTES
影响因子：
--
作者：
Li, G;Hubert, S;Hedgecock, D
通讯作者：
Hedgecock, D
影响因子：
3
作者：
Wang, Yongping;Guo, Ximing
通讯作者：
Guo, Ximing
DOI：
--
发表时间：
2005-09
期刊：
Yi chuan = Hereditas
影响因子：
--
作者：
Qiang Li;J. Wan
通讯作者：
Qiang Li;J. Wan
DOI：
10.1111/j.1471-8286.2007.01729.x
发表时间：
2007-09
期刊：
Molecular Ecology Notes
影响因子：
--
作者：
Hong Yu;Qi Li
通讯作者：
Hong Yu;Qi Li
DOI：
10.1111/j.1471-8286.2005.00996.x
发表时间：
2005-09
期刊：
Molecular Ecology Notes
影响因子：
--
作者：
S. Roberts;Christina Romano;G. Gerlach
通讯作者：
S. Roberts;Christina Romano;G. Gerlach