NCBI prokaryotic genome annotation pipeline.
NCBI prokaryotic genome annotation pipeline.
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DOI：
10.1093/nar/gkw569
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发表时间：
2016-08-19
影响因子：
14.9
通讯作者：
Ostell J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tatusova T;DiCuccio M;Badretdin A;Chetvernin V;Nawrocki EP;Zaslavsky L;Lomsadze A;Pruitt KD;Borodovsky M;Ostell J
最近的技术进步为大规模测序和分析疾病爆发中的致病物种种群以及旨在扩大我们对整个原核生物领域的知识的大规模多样性研究提供了前所未有的机会。为了应对及时解释这些巨大遗传信息的结构、功能和意义的挑战，迫切需要一种全面的自动基因组注释方法。NCBI与格鲁吉亚理工学院合作开发了一种新的基因组注释方法，该方法将基于比对的方法与直接从序列预测蛋白质编码和RNA基因以及其他功能元件的方法相结合。一种新的基因发现工具GeneMarkS+使用蛋白质和RNA通过同源性放置的组合证据作为初始注释图，以生成和修改整个基因组的从头基因预测。因此，当有可信的比较数据可用时，新的NCBI的Proximity Genome Annotation Pipeline（PGAP）更多地依赖于序列相似性，而在缺乏外部证据的情况下，它更多地依赖于统计预测。管道提供了一个框架，用于在原核生物分类学的全方位上生成和分析注释。有关PGAP的更多信息，请参见https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/和NCBI手册https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK174280/。
Recent technological advances have opened unprecedented opportunities for large-scale sequencing and analysis of populations of pathogenic species in disease outbreaks, as well as for large-scale diversity studies aimed at expanding our knowledge across the whole domain of prokaryotes. To meet the challenge of timely interpretation of structure, function and meaning of this vast genetic information, a comprehensive approach to automatic genome annotation is critically needed. In collaboration with Georgia Tech, NCBI has developed a new approach to genome annotation that combines alignment based methods with methods of predicting protein-coding and RNA genes and other functional elements directly from sequence. A new gene finding tool, GeneMarkS+, uses the combined evidence of protein and RNA placement by homology as an initial map of annotation to generate and modify ab initio gene predictions across the whole genome. Thus, the new NCBI's Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) relies more on sequence similarity when confident comparative data are available, while it relies more on statistical predictions in the absence of external evidence. The pipeline provides a framework for generation and analysis of annotation on the full breadth of prokaryotic taxonomy. For additional information on PGAP see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/ and the NCBI Handbook, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK174280/.
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地狱1.1：RNA同源性搜索速度更快100倍。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt509
发表时间：
2013-11-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Nawrocki EP;Eddy SR
通讯作者：
Eddy SR
影响因子：
14.9
作者：
Klimke W;Agarwala R;Badretdin A;Chetvernin S;Ciufo S;Fedorov B;Kiryutin B;O'Neill K;Resch W;Resenchuk S;Schafer S;Tolstoy I;Tatusova T
通讯作者：
Tatusova T
影响因子：
14.9
作者：
Tatusov, RL;Natale, DA;Koonin, EV
通讯作者：
Koonin, EV
影响因子：
56.9
作者：
FLEISCHMANN, RD;ADAMS, MD;VENTER, JC
通讯作者：
VENTER, JC
影响因子：
4.1
作者：
Biswas A;Gagnon JN;Brouns SJ;Fineran PC;Brown CM
通讯作者：
Brown CM