Network organization of the huntingtin proteomic interactome in mammalian brain.
Network organization of the huntingtin proteomic interactome in mammalian brain.
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DOI：
10.1016/j.neuron.2012.05.024
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发表时间：
2012-07-12
期刊：
影响因子：
16.2
通讯作者：
Yang XW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shirasaki DI;Greiner ER;Al-Ramahi I;Gray M;Boontheung P;Geschwind DH;Botas J;Coppola G;Horvath S;Loo JA;Yang XW
我们使用亲和纯化质谱仪在亨廷顿病(HD)和野生型小鼠的不同脑区和不同年龄的脑组织中鉴定了747个与亨廷顿(Huntingtin，Htt)络合的候选蛋白质。为了获得Htt相互作用组的系统级视图，我们将加权基因相关网络分析(WGCNA)应用于整个蛋白质组数据集，以揭示可验证的Htt相关蛋白质等级和Htt相互作用蛋白质模块网络，每个模块突出Htt生物学的不同方面。重要的是，含有Htt的模块高度富含参与14-3-3信号、基于微管的转运和蛋白平衡的蛋白质。在HD果蝇模型中，该模块中排名靠前的蛋白质被验证为新的Htt相互作用因子和遗传修饰物。总之，我们的研究提供了哺乳动物大脑中时空Htt相互作用蛋白的概要，并提供了一种概念上的新方法来分析蛋白质组相互作用组数据集，以在复杂组织(如大脑)中建立体内蛋白质网络。
We used affinity-purification mass spectrometry to identify 747 candidate proteins that are complexed with Huntingtin (Htt) in distinct brain regions and ages in Huntington’s disease (HD) and wildtype mouse brains. To gain a systems-level view of the Htt interactome, we applied Weighted Gene Correlation Network Analysis (WGCNA) to the entire proteomic dataset to unveil a verifiable rank of Htt-correlated proteins and a network of Htt-interacting protein modules, with each module highlighting distinct aspects of Htt biology. Importantly, the Htt-containing module is highly enriched with proteins involved in 14-3-3 signaling, microtubule-based transport, and proteostasis. Top-ranked proteins in this module were validated as novel Htt interactors and genetic modifiers in an HD Drosophila model. Together, our study provides a compendium of spatiotemporal Htt-interacting proteins in the mammalian brain, and presents a conceptually novel approach to analyze proteomic interactome datasets to build in vivo protein networks in complex tissues such as the brain.
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WGCNA：用于加权相关网络分析的 R 包。
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