Simulating T-cell motility in the lymph node paracortex with a packed lattice geometry.
Simulating T-cell motility in the lymph node paracortex with a packed lattice geometry.
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DOI：
10.1038/icb.2008.60
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发表时间：
2008-11
影响因子：
4
通讯作者：
Dunbar, P. Rod
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bogle, Gib;Dunbar, P. Rod
基于代理的淋巴结副皮质 T 细胞运输、激活和增殖模拟模型需要细胞运动模型。这样的模型必须能够重现观察到的 T 细胞的随机游走行为，同时容纳大量紧密排列的细胞，并且必须具有计算效率。我们报告了基于 3D 晶格几何形状的运动模型的开发，该模型可以满足这些目标。细胞在相邻晶格位点之间进行离散跳跃，其方向是根据指定的离散概率分布随机确定的，这些概率分布由少量参数定义。结果表明，通常在体内观察到的 T 细胞随机运动的主要特征可以通过适当的模型参数规范来重现。该模型计算效率高，为能够模拟副皮质完整 T 细胞群的模型提供了合适的引擎。
Agent-based simulation modeling of T cell trafficking, activation and proliferation in the lymph node paracortex requires a model for cell motility. Such a model must be able to reproduce the observed random-walk behaviour of T cells, while accommodating large numbers of tightly packed cells, and must be computationally efficient. We report the development of a motility model, based on a 3-D lattice geometry, that meets these objectives. Cells make discrete jumps between neighbouring lattice sites in directions that are randomly determined from specified discrete probability distributions, which are defined by a small number of parameters. It is shown that the main characteristics of the random motion of T cells as typically observed in vivo can be reproduced by suitable specification of model parameters. The model is computationally highly efficient, and provides a suitable engine for a model capable of simulating the full T cell population of the paracortex.
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DOI：
10.1679/aohc.48.1
发表时间：
1985-01-01
期刊：
ARCHIVUM HISTOLOGICUM JAPONICUM
影响因子：
--
作者：
HE, Y
通讯作者：
HE, Y
影响因子：
30.5
作者：
Hugues, S;Fetler, L;Amigorena, S
通讯作者：
Amigorena, S
DOI：
10.1073/pnas.2628040100
发表时间：
2003-03-04
影响因子：
11.1
作者：
Miller, MJ;Wei, SH;Parker, I
通讯作者：
Parker, I
影响因子：
9.8
作者：
Okada T;Miller MJ;Parker I;Krummel MF;Neighbors M;Hartley SB;O'Garra A;Cahalan MD;Cyster JG
通讯作者：
Cyster JG
影响因子：
4.4
作者：
Beauchemin, Catherine;Dixit, Narendra M.;Perelson, Alan S.
通讯作者：
Perelson, Alan S.