Proximal charge effects on guest binding to a non-polar pocket
Proximal charge effects on guest binding to a non-polar pocket
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近端电荷对客体与非极性口袋结合的影响
DOI：
10.1039/c9sc06268h
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发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
8.4
通讯作者：
Gibb, Bruce C.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Suating, Paolo;Nguyen, Thong T.;Ernst, Nicholas E.;Wang, Yang;Jordan, Jacobs H.;Gibb, Corinne L.;Ashbaugh, Henry S.;Gibb, Bruce C.
科学仍然没有能力准确预测配体对蛋白质的亲和力。为了解决这一问题，蛋白质和配体建模的统计评估（SAMPL）系列盲态预测挑战是一项社区范围的练习，旨在推进计算技术作为合理药物设计中的标准预测工具。在每个循环中，选择一系列不同复杂程度的生物相关系统来测试最新的建模方法。作为这个正在进行的练习的一部分，并作为理解上下文相关的客体结合的重要因素的一步，我们挑战计算界，以确定一系列带负电荷和带正电荷的客体对两个组成异构的空穴主体的亲和力：octa酸1和exo-octa酸2。我们的亲和力测定，结合分子动力学模拟，揭示了主客体对之间的亲和力的不对称性，不能单独用简单的库仑相互作用来解释，但也指出了主机-水相互作用的重要性。我们的工作揭示了水中分子识别的关键方面，强调了建模中需要改进的地方，并阐明了配体-蛋白质结合在水溶液中的复杂问题。
Science still does not have the ability to accurately predict the affinity that ligands have for proteins. In an attempt to address this, the Statistical Assessment of Modeling of Proteins and Ligands (SAMPL) series of blind predictive challenges is a community-wide exercise aimed at advancing computational techniques as standard predictive tools in rational drug design. In each cycle, a range of biologically relevant systems of different levels of complexity are selected to test the latest modeling methods. As part of this on-going exercise, and as a step towards understanding the important factors in context dependent guest binding, we challenged the computational community to determine the affinity of a series of negatively and positively charged guests to two constitutionally isomeric cavitand hosts: octa-acid 1, and exo-octa acid 2. Our affinity determinations, combined with molecular dynamics simulations, reveal asymmetries in affinities between host–guest pairs that cannot alone be explained by simple coulombic interactions, but also point to the importance of host–water interactions. Our work reveals the key facets of molecular recognition in water, emphasizes where improvements need to be made in modelling, and shed light on the complex problem of ligand-protein binding in the aqueous realm.
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影响因子：
3.3
作者：
Yin, Hao;Feng, Guogang;Clore, G. Marius;Hummer, Gerhard;Rasaiah, Jayendran C.
通讯作者：
Rasaiah, Jayendran C.
重组人白介素-1β 的晶体结构（2·0 Å 分辨率）
DOI：
--
发表时间：
1989
期刊：
影响因子：
--
作者：
B. Finzel;L. Clancy;D. R. Holland;S. Muchmore;K. Watenpaugh;H. Einspahr
通讯作者：
H. Einspahr
深腔空配体的定向邻位金属化：功能化分子凹面。
DOI：
10.1021/jo0513515
发表时间：
2006
期刊：
The Journal of organic chemistry
影响因子：
--
作者：
Z. Laughrey;B. Gibb
通讯作者：
B. Gibb
影响因子：
15
作者：
Biedermann, Frank;Vendruscolo, Michele;Nau, Werner M.
通讯作者：
Nau, Werner M.
影响因子：
5.6
作者：
Collins, Marcus D.;Quillin, Michael L.;Gruner, Sol M.
通讯作者：
Gruner, Sol M.