ArchDB 2014: structural classification of loops in proteins.
ArchDB 2014: structural classification of loops in proteins.
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DOI：
10.1093/nar/gkt1189
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发表时间：
2014-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Oliva B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bonet J;Planas-Iglesias J;Garcia-Garcia J;Marín-López MA;Fernandez-Fuentes N;Oliva B
蛋白质的功能由其三维结构决定，该结构由规则（即β-链和α-螺旋）和非周期性结构单元（如环）形成。与常规结构元件相比，非周期性、非重复性构象单元包含更高程度的可变性，这增加了识别构象单元的难度，但它们仍然是蛋白质结构的重要组成部分。事实上，环通常在蛋白质的功能以及蛋白质折叠和动力学的不同方面发挥关键作用。因此，蛋白质环的结构分类是一个重要的课题，在同源建模，蛋白质结构预测，蛋白质设计（如酶设计和催化环）和功能预测中有明确的应用。本文介绍的数据库ArchDB（可在http：//sbi.imim.es/archdb上免费获取）就是这样一种资源，多年来一直是科学界的重要资产。在本文中，我们将介绍一个完全重新设计和更新的ArchDB版本。ArchDB的新版本具有新颖，快速和用户友好的基于Web的界面，以及新颖的基于图形的，计算效率高的聚类算法。当前版本的ArchDB将149，134个循环分类为5739个类和9608个子类。
The function of a protein is determined by its three-dimensional structure, which is formed by regular (i.e. β-strands and α-helices) and non-periodic structural units such as loops. Compared to regular structural elements, non-periodic, non-repetitive conformational units enclose a much higher degree of variability—raising difficulties in the identification of regularities, and yet represent an important part of the structure of a protein. Indeed, loops often play a pivotal role in the function of a protein and different aspects of protein folding and dynamics. Therefore, the structural classification of protein loops is an important subject with clear applications in homology modelling, protein structure prediction, protein design (e.g. enzyme design and catalytic loops) and function prediction. ArchDB, the database presented here (freely available at http://sbi.imim.es/archdb), represents such a resource and has been an important asset for the scientific community throughout the years. In this article, we present a completely reworked and updated version of ArchDB. The new version of ArchDB features a novel, fast and user-friendly web-based interface, and a novel graph-based, computationally efficient, clustering algorithm. The current version of ArchDB classifies 149,134 loops in 5739 classes and 9608 subclasses.
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影响因子：
3
作者：
Regad L;Martin J;Nuel G;Camproux AC
通讯作者：
Camproux AC
基因本体论：2011年的增强。
影响因子：
14.9
作者：
Gene Ontology Consortium
通讯作者：
Gene Ontology Consortium
DOI：
10.1093/bioinformatics/bts565
发表时间：
2012-12-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Fu L;Niu B;Zhu Z;Wu S;Li W
通讯作者：
Li W
影响因子：
14.9
作者：
Hildebrand PW;Goede A;Bauer RA;Gruening B;Ismer J;Michalsky E;Preissner R
通讯作者：
Preissner R
影响因子：
5.8
作者：
Espadaler, Jordi;Querol, Enrique;Oliva, Baldo
通讯作者：
Oliva, Baldo