Epitope profiling reveals binding signatures of SARS-CoV-2 immune response in natural infection and cross-reactivity with endemic human CoVs.
Epitope profiling reveals binding signatures of SARS-CoV-2 immune response in natural infection and cross-reactivity with endemic human CoVs.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2021.109164
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发表时间：
2021-05-25
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Overbaugh J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Stoddard CI;Galloway J;Chu HY;Shipley MM;Sung K;Itell HL;Wolf CR;Logue JK;Magedson A;Garrett ME;Crawford KHD;Laserson U;Matsen FA 4th;Overbaugh J
当前严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 疫苗工作的一个主要目标是引发提供保护的抗体反应。绘制 SARS-CoV-2 抗体反应的表位靶标对于疫苗设计、诊断和治疗方法的开发至关重要。在这里，我们开发了一个泛冠状病毒噬菌体展示库，以高分辨率绘制 2019 年轻度或中度/重度冠状病毒病 (COVID-19) 患者所有已知人类感染冠状病毒的完整病毒蛋白质组中的抗体结合位点。我们发现，针对 SARS-CoV-2 的大多数免疫反应都针对刺突蛋白、核衣壳和 ORF1ab，并包括当前关注的变体中的突变位点。一些表位在大多数样本中都被识别出来，而另一些表位则很少见，我们发现个体之间的目标表位数量存在差异。我们发现，在未接触过 SARS-CoV-2 病毒的个体中，其交叉反应水平较低，而在 COVID-19 患者的恢复期血清中，其与地方性人类冠状病毒 (CoV) 的交叉反应水平较高。斯托达德等人。绘制轻度或中度/重度 COVID-19 患者以及健康的大流行前个体的常见和罕见冠状病毒表位。他们发现了一个表位子集，其中的残基在令人关注的 SARS-CoV-2 变体中发生了突变，并显示了 SARS-CoV-2 与普遍传播的人类冠状病毒之间存在交叉反应的证据。
A major goal of current severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) vaccine efforts is to elicit antibody responses that confer protection. Mapping the epitope targets of the SARS-CoV-2 antibody response is critical for vaccine design, diagnostics, and development of therapeutics. Here, we develop a pan-coronavirus phage display library to map antibody binding sites at high resolution within the complete viral proteomes of all known human-infecting coronaviruses in patients with mild or moderate/severe coronavirus disease 2019 (COVID-19). We find that the majority of immune responses to SARS-CoV-2 are targeted to the spike protein, nucleocapsid, and ORF1ab and include sites of mutation in current variants of concern. Some epitopes are identified in the majority of samples, while others are rare, and we find variation in the number of epitopes targeted between individuals. We find low levels of SARS-CoV-2 cross-reactivity in individuals with no exposure to the virus and significant cross-reactivity with endemic human coronaviruses (CoVs) in convalescent sera from patients with COVID-19. Stoddard et al. map common and rare coronavirus epitopes in individuals with mild or moderate/severe COVID-19 and healthy, pre-pandemic individuals. They find a subset of epitopes with residues that are mutated in SARS-CoV-2 variants of concern and show evidence for cross-reactivity between SARS-CoV-2 and commonly circulating human coronaviruses.
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Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
13.2
作者：
Chan, Jasper Fuk-Woo;Kok, Kin-Hang;Yuen, Kwok-Yung
通讯作者：
Yuen, Kwok-Yung
DOI：
10.1128/cdli.12.11.1317-1321.2005
发表时间：
2005-11-01
期刊：
CLINICAL AND DIAGNOSTIC LABORATORY IMMUNOLOGY
影响因子：
--
作者：
Chan, KH;Cheng, VCC;Peiris, JSM
通讯作者：
Peiris, JSM
影响因子：
13.2
作者：
Liu, Li;To, Kelvin Kai-Wang;Chen, Zhiwei
通讯作者：
Chen, Zhiwei
影响因子：
64.8
作者：
Arvin, Ann M.;Fink, Katja;Virgin, Herbert W.
通讯作者：
Virgin, Herbert W.