iGTP: a software package for large-scale gene tree parsimony analysis.
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DOI：
10.1186/1471-2105-11-574
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发表时间：
2010-11-23
影响因子：
3
通讯作者：
Eulenstein O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chaudhary R;Bansal MS;Wehe A;Fernández-Baca D;Eulenstein O
不断丰富的基因组序列信息为大规模系统发育分析提供了前所未有的机遇。然而，由于进化事件，如基因复制和丢失，不完整的谱系排序（深聚结），和水平基因转移，物种间的不一致性的基因树的推断是模糊的。基因树简约法（GTP）解决了这个问题，寻求一个物种树，需要最少数量的进化事件，以协调一组给定的不一致的基因树。尽管基因树简约法前景广阔，但它的使用受到了限制，因为现有的软件要么速度不够快，无法处理大型数据集，要么局限于它可以处理的进化事件范围。我们介绍iGTP，一个独立于平台的软件程序，实现了最先进的算法，大大加快了物种树的推理下的重复，重复损失，和深聚结和解成本。iGTP显著扩展和改进了现有基因树简约软件的功能和性能，并提供了高级功能，例如使用逐步叶添加构建有效的初始树以及在输入中具有无根基因树的能力。此外，iGTP提供了一个用户友好的图形界面，集成了树木可视化软件，以方便分析结果。iGTP第一次能够使用复制、复制丢失和深度聚结和解成本对来自数百个分类群的数千个基因进行基因树简约分析，所有这些都来自一个方便的图形用户界面。
The ever-increasing wealth of genomic sequence information provides an unprecedented opportunity for large-scale phylogenetic analysis. However, species phylogeny inference is obfuscated by incongruence among gene trees due to evolutionary events such as gene duplication and loss, incomplete lineage sorting (deep coalescence), and horizontal gene transfer. Gene tree parsimony (GTP) addresses this issue by seeking a species tree that requires the minimum number of evolutionary events to reconcile a given set of incongruent gene trees. Despite its promise, the use of gene tree parsimony has been limited by the fact that existing software is either not fast enough to tackle large data sets or is restricted in the range of evolutionary events it can handle. We introduce iGTP, a platform-independent software program that implements state-of-the-art algorithms that greatly speed up species tree inference under the duplication, duplication-loss, and deep coalescence reconciliation costs. iGTP significantly extends and improves the functionality and performance of existing gene tree parsimony software and offers advanced features such as building effective initial trees using stepwise leaf addition and the ability to have unrooted gene trees in the input. Moreover, iGTP provides a user-friendly graphical interface with integrated tree visualization software to facilitate analysis of the results. iGTP enables, for the first time, gene tree parsimony analyses of thousands of genes from hundreds of taxa using the duplication, duplication-loss, and deep coalescence reconciliation costs, all from within a convenient graphical user interface.
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