A comprehensive thermodynamic model for RNA binding by the Saccharomyces cerevisiae Pumilio protein PUF4.
A comprehensive thermodynamic model for RNA binding by the Saccharomyces cerevisiae Pumilio protein PUF4.
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一个全面的热力学模型的RNA结合的酿酒酵母Pumilio蛋白PUF 4。
DOI：
10.1038/s41467-022-31968-z
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发表时间：
2022-08-04
影响因子：
16.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
基因组学方法在识别RNA结合蛋白(RBPs)及其调控的基因、途径和过程方面具有重要价值。然而，标准的基序描述不能用来预测所有的RNA靶标，也不能测试细胞相互作用和调节的定量模型。我们提出了一个完整的RNA与酿酒酵母PUF4蛋白结合的热力学模型，该模型来自于在大规模并行阵列(RNA-MAP)平台上使用RNA测量的6180个RNA的直接结合数据。PUF4模型与相关的限制性商业惯例、人PUM2和PUM1的模型高度相似，有一个明显的例外：PUF4有一个有利的碱基翻转位点，使得PUF4优先与一系列不连续的残基结合。这些结果为开发和测试RNA-RBP相互作用和功能的细胞模型、工程限制性商业惯例、理解RBP结合的生物物理性质以及RNAs和限制性商业惯例的进化格局奠定了基础。传统的基因组学方法识别RNA结合蛋白(RBPs)及其调控的基因，但不提供预测模型。作者使用一种新技术获得了RNA与PUF4 RBP结合的完整热力学模型。
Genomic methods have been valuable for identifying RNA-binding proteins (RBPs) and the genes, pathways, and processes they regulate. Nevertheless, standard motif descriptions cannot be used to predict all RNA targets or test quantitative models for cellular interactions and regulation. We present a complete thermodynamic model for RNA binding to the S. cerevisiae Pumilio protein PUF4 derived from direct binding data for 6180 RNAs measured using the RNA on a massively parallel array (RNA-MaP) platform. The PUF4 model is highly similar to that of the related RBPs, human PUM2 and PUM1, with one marked exception: a single favorable site of base flipping for PUF4, such that PUF4 preferentially binds to a non-contiguous series of residues. These results are foundational for developing and testing cellular models of RNA-RBP interactions and function, for engineering RBPs, for understanding the biophysical nature of RBP binding and the evolutionary landscape of RNAs and RBPs. Traditional genomic methods identify RNA-binding proteins (RBPs) and the genes they regulate, but do not provide predictive models. The authors used an emerging technology to obtain a complete thermodynamic model for RNA binding to the PUF4 RBP.
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影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
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作者：
Kershaw, Christopher J.;Costello, Joseph L.;Pavitt, Graham D.
通讯作者：
Pavitt, Graham D.
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Lapointe, Christopher P.;Preston, Melanie A.;Wickens, Marvin
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Wickens, Marvin
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作者：
Hogan GJ;Brown PO;Herschlag D
通讯作者：
Herschlag D
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作者：
Jarmoskaite, Inga;Denny, Sarah K.;Herschlag, Daniel
通讯作者：
Herschlag, Daniel