Critical assessment of DNA adenine methylation in eukaryotes using quantitative deconvolution.
Critical assessment of DNA adenine methylation in eukaryotes using quantitative deconvolution.
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DOI：
10.1126/science.abe7489
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发表时间：
2022-02-04
期刊：
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文献类型：
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在真核生物中发现了N6-甲基脱氧腺嘌呤(6 MA)，这引发了人们对其他表观遗传机制的兴奋。然而，一些研究强调了混杂因素，挑战了真核生物中6 mA的流行。我们开发了一种元基因组学方法，可以定量地将gDNA样本中的6 mA事件分解为感兴趣的物种、基因组区域和污染源。应用这种方法，我们在两种原生动物中观察到了高分辨率的6 mA沉积。我们发现，昆虫和植物样本中的绝大多数6 mA是由共生/土壤细菌解释的。我们没有在果蝇、拟南芥或人类中发现高6 mA的证据。即使是来自Dam甲基转移酶突变体的用于遗传操作的质粒，也可能携带丰富的6 mA，这混淆了候选6 mA甲基转移酶和去甲基酶的评估。这项工作主张重新评估真核生物中的6 mA。为了帮助阐明真核生物中的DNA腺嘌呤甲基化，我们开发了一种方法，并报告了具有广泛意义的发现。
The discovery of N6-methyldeoxyadenine (6mA) across eukaryotes created excitement for additional epigenetic mechanisms. However, some studies have highlighted confounding factors, challenging the prevalence of 6mA in eukaryotes. We developed a metagenomic method to quantitatively deconvolve 6mA events from a gDNA sample into species of interest, genomic regions, and sources of contamination. Applying this method, we observed high-resolution 6mA deposition in two protozoa. We found that commensal/soil bacteria explained the vast majority of 6mA in insect and plant samples. We found no evidence of high 6mA in Drosophila, Arabidopsis, or human. Plasmids used for genetic manipulation even from Dam methyltransferase mutant Escherichia coli, could carry abundant 6mA, confounding the evaluation of candidate 6mA methyltransferases and demethylases. This work advocates for a re-assessment of 6mA in eukaryotes. To help clarify DNA adenine methylation in eukaryotes, we developed a method and report findings with broad implications.
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