The zebrafish: scalable in vivo modeling for systems biology.
The zebrafish: scalable in vivo modeling for systems biology.
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DOI：
10.1002/wsbm.117
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发表时间：
2011-05
影响因子：
7.9
通讯作者：
MacRae, Calum A.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Deol, Rahul C.;MacRae, Calum A.
斑马鱼为生物研究的许多领域提供了一个可伸缩的脊椎动物模型。遗传和基因组特征在很大程度上是保守的，在更高的层次上，分子间网络以及生理系统和表型也是保守的。我们重点介绍了最近证明这种同源性的程度的工作，以及开发适合于遗传或化学筛选的高通量表型策略的努力，其规模与系统生物学的体内验证相兼容。我们讨论了这些方法对于基因组的功能注释、体内多细胞过程的阐明以及由广泛的无偏见的基因组技术产生的假说的机械性探索的含义，例如表达谱和基因组范围的关联。最后，我们概述了斑马鱼应用于表型结构、疾病异质性和药物反应的系统研究的潜在策略。
The zebrafish offers a scalable vertebrate model for many areas of biologic investigation. There is substantial conservation of genetic and genomic features and, at a higher order, conservation of intermolecular networks, as well as physiologic systems and phenotypes. We highlight recent work demonstrating the extent of this homology, and efforts to develop high-throughput phenotyping strategies suited to genetic or chemical screening on a scale compatible with in vivo validation for systems biology. We discuss the implications of these approaches for functional annotation of the genome, elucidation of multicellular processes in vivo, and mechanistic exploration of hypotheses generated by a broad range of ‘unbiased’ ‘omic technologies such as expression profiling and genome-wide association. Finally, we outline potential strategies for the application of the zebrafish to the systematic study of phenotypic architecture, disease heterogeneity and drug responses.
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