Dissecting protein-RNA recognition sites.
Dissecting protein-RNA recognition sites.
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DOI：
10.1093/nar/gkn102
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发表时间：
2008-05
影响因子：
14.9
通讯作者：
Janin J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bahadur RP;Zacharias M;Janin J
我们分析了蛋白质-RNA接口81短暂的二元复合物从蛋白质数据库。那些含有tRNA或双链RNA的分子比单链RNA的分子大，并且在大小上与蛋白质-DNA界面相当。蛋白质侧具有强的正静电势，并且在其氨基酸组成中类似于蛋白质-DNA界面。在RNA方面，磷酸盐对相互作用的贡献比蛋白质-DNA复合物少，而糖对相互作用的贡献大得多。平均而言，蛋白质-RNA界面包含20个氢键，7个涉及磷酸，5个涉及糖2′OH，6个涉及碱基，以及32个水分子。单位埋表面积的平均氢键密度与tRNA或单链RNA相比，与双链RNA相比更小。在与tRNA的界面中，原子堆积也不那么紧密。在蛋白质方面，主链NH和Arg/Lys侧链占RNA所有氢键的近一半;主链CO和侧链受体基团占四分之一。2′OH是蛋白质-RNA识别的主要参与者，形状互补性是一个重要的决定因素，而静电和直接的碱基-蛋白质相互作用在蛋白质-DNA识别中的作用较小。
We analyze the protein–RNA interfaces in 81 transient binary complexes taken from the Protein Data Bank. Those with tRNA or duplex RNA are larger than with single-stranded RNA, and comparable in size to protein–DNA interfaces. The protein side bears a strong positive electrostatic potential and resembles protein–DNA interfaces in its amino acid composition. On the RNA side, the phosphate contributes less, and the sugar much more, to the interaction than in protein–DNA complexes. On average, protein–RNA interfaces contain 20 hydrogen bonds, 7 that involve the phosphates, 5 the sugar 2′OH, and 6 the bases, and 32 water molecules. The average H-bond density per unit buried surface area is less with tRNA or single-stranded RNA than with duplex RNA. The atomic packing is also less compact in interfaces with tRNA. On the protein side, the main chain NH and Arg/Lys side chains account for nearly half of all H-bonds to RNA; the main chain CO and side chain acceptor groups, for a quarter. The 2′OH is a major player in protein–RNA recognition, and shape complementarity an important determinant, whereas electrostatics and direct base–protein interactions play a lesser part than in protein–DNA recognition.
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