The ARTS web server for aligning RNA tertiary structures.
The ARTS web server for aligning RNA tertiary structures.
复制标题
用于对齐RNA三级结构的艺术Web服务器。
DOI：
10.1093/nar/gkl312
复制
发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wolfson, Haim J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dror, Oranit;Nussinov, Ruth;Wolfson, Haim J.
具有共同结构特征的RNA分子可能具有相似的功能特性。因此，RNA的结构比较和常见亚结构的检测是一项非常重要的任务。然而，RNA社区中目前可用的工具仅提供部分解决方案，因为它们要么在2D水平上工作，要么仅适合于检测预定义的或局部连续的三级基序。在这里，我们描述了一个围绕ARTS构建的Web服务器，ARTS是一种用于对齐核酸（RNA和DNA）三级结构的方法。ARTS接收一对3D核酸结构并搜索先验未知的共同子结构。搜索是真正的3D，与链上核苷酸的顺序无关。鉴定的共同亚结构可以是具有数百甚至数千个核苷酸的大的全局折叠，以及具有至少两个连续碱基对的小的局部基序。该方法非常高效，已被用于对蛋白质数据库中的所有RNA结构进行全面比较。网站服务器和软件包可供下载，网址为。
RNA molecules with common structural features may share similar functional properties. Structural comparison of RNAs and detection of common substructures is, thus, a highly important task. Nevertheless, the current available tools in the RNA community provide only a partial solution, since they either work at the 2D level or are suitable for detecting predefined or local contiguous tertiary motifs only. Here, we describe a web server built around ARTS, a method for aligning tertiary structures of nucleic acids (both RNA and DNA). ARTS receives a pair of 3D nucleic acid structures and searches for a priori unknown common substructures. The search is truly 3D and irrespective of the order of the nucleotides on the chain. The identified common substructures can be large global folds with hundreds and even thousands of nucleotides as well as small local motifs with at least two successive base pairs. The method is highly efficient and has been used to conduct an all-against-all comparison of all the RNA structures in the Protein Data Bank. The web server together with a software package for download are freely accessible at .
登录
查看更多内容
影响因子：
5.8
作者：
Dror, O;Nussinov, R;Wolfson, H
通讯作者：
Wolfson, H
影响因子：
14.9
作者：
Yang, HW;Jossinet, F;Westhof, E
通讯作者：
Westhof, E
影响因子：
16.8
作者：
Golden, BL;Kim, H;Chase, E
通讯作者：
Chase, E
DOI：
10.1021/ci0103626
发表时间：
2001-09-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Reijmers, TH;Wehrens, R;Buydens, LMC
通讯作者：
Buydens, LMC
影响因子：
5.6
作者：
Gendron, P;Lemieux, S;Major, F
通讯作者：
Major, F