HRP-2 determines HIV-1 integration site selection in LEDGF/p75 depleted cells.
HRP-2 determines HIV-1 integration site selection in LEDGF/p75 depleted cells.
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DOI：
10.1186/1742-4690-9-84
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发表时间：
2012-10-09
期刊：
影响因子：
3.3
通讯作者：
Gijsbers R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Schrijvers R;Vets S;De Rijck J;Malani N;Bushman FD;Debyser Z;Gijsbers R
晶状体上皮源性生长因子 (LEDGF/p75) 是 HIV-1 整合酶 (IN) 的细胞辅助因子，它将病毒预整合复合物与宿主细胞染色质连接起来，并决定 HIV-1 在全基因组范围内的整合位点分布模式。最近，我们证明 LEDGF/p75 敲除 (KO) 细胞中 HIV-1 复制减少。 LEDGF/p75 KO 显着改变了 HIV-1 的整合位点偏好，但该模式仍然与计算生成的匹配随机对照集 (MRC) 不同，表明存在替代的束缚因子。我们之前发现肝癌源性生长因子相关蛋白 2 (HRP-2) 是介导 LEDGF/p75 独立的 HIV-1 复制的因子。然而，HRP-2 在 HIV-1 整合位点选择中的作用尚未得到解决。我们研究了在存在和不存在 LEDGF/p75 和/或 HRP-2 的情况下以及在过度表达 HRP-2 的 LEDGF/p75 耗尽的细胞中的 HIV-1 整合位点分布。我们发现，HRP-2 在 LEDGF/p75 耗尽的细胞中充当 HIV-1 IN 的辅助因子。内源性 HRP-2 在 LEDGF/p75 耗尽的细胞中仅微弱地支持 HIV-1 复制。然而，HRP-2 过表达挽救了 HIV-1 复制并将 RefSeq 基因中的整合恢复到野生型水平。 LEDGF/p75 耗尽的细胞中额外的 HRP-2 KD 降低了转录单元中的整合频率，并使整合分布转向随机。我们证明 HRP-2 过表达可以补偿 LEDGF/p75 的缺失，并表明在 LEDGF/p75 缺失的情况下观察到的整合靶向残留偏差可归因于 HRP-2。 LEDGF/p75 耗尽后 HRP-2 的敲低会导致更加随机的 HIV-1 整合模式。因此，这些数据强化了 LEDGF/p75 是 HIV-1 IN 的主要辅助因子的认识。
Lens epithelium–derived growth factor (LEDGF/p75) is a cellular co-factor of HIV-1 integrase (IN) that tethers the viral pre-integration complex to the host cell chromatin and determines the genome wide integration site distribution pattern of HIV-1. Recently, we demonstrated that HIV-1 replication was reduced in LEDGF/p75 knockout (KO) cells. LEDGF/p75 KO significantly altered the integration site preference of HIV-1, but the pattern remained distinct from a computationally generated matched random control set (MRC), suggesting the presence of an alternative tethering factor. We previously identified Hepatoma-derived growth factor related protein 2 (HRP-2) as a factor mediating LEDGF/p75-independent HIV-1 replication. However, the role of HRP-2 in HIV-1 integration site selection was not addressed. We studied the HIV-1 integration site distribution in the presence and absence of LEDGF/p75 and/or HRP-2, and in LEDGF/p75-depleted cells that overexpress HRP-2. We show that HRP-2 functions as a co-factor of HIV-1 IN in LEDGF/p75-depleted cells. Endogenous HRP-2 only weakly supported HIV-1 replication in LEDGF/p75 depleted cells. However, HRP-2 overexpression rescued HIV-1 replication and restored integration in RefSeq genes to wild-type levels. Additional HRP-2 KD in LEDGF/p75-depleted cells reduces integration frequency in transcription units and shifts the integration distribution towards random. We demonstrate that HRP-2 overexpression can compensate for the absence of LEDGF/p75 and indicate that the residual bias in integration targeting observed in the absence of LEDGF/p75 can be ascribed to HRP-2. Knockdown of HRP-2 upon LEDGF/p75 depletion results in a more random HIV-1 integration pattern. These data therefore reinforce the understanding that LEDGF/p75 is the dominant HIV-1 IN co-factor.
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