Hidden variation in polyploid wheat drives local adaptation.
Hidden variation in polyploid wheat drives local adaptation.
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DOI：
10.1101/gr.233551.117
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发表时间：
2018-09
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Hall A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gardiner LJ;Joynson R;Omony J;Rusholme-Pilcher R;Olohan L;Lang D;Bai C;Hawkesford M;Salt D;Spannagl M;Mayer KFX;Kenny J;Bevan M;Hall N;Hall A
小麦已经被驯化到大量的农业环境中，并具有适应不同环境的能力。为了了解这一过程，我们调查了代表全球遗传多样性的面包小麦地方品种的基因型，重复内容和DNA甲基化。我们确定了甲基化、基因型和转座子拷贝数的独立变异。我们发现，这些，迄今未开发的，变异的来源有显着的影响，小麦基因组和祖先的甲基化状态成为优先“硬编码”的单核苷酸多态性（SNP）通过5-甲基胞嘧啶脱氨基。这些机制还驱动了当地的适应，影响了重要的性状，如抽穗期和耐盐性。因此，甲基化和转座子多样性可以与基于SNP的标记一起用于育种。
Wheat has been domesticated into a large number of agricultural environments and has the ability to adapt to diverse environments. To understand this process, we survey genotype, repeat content, and DNA methylation across a bread wheat landrace collection representing global genetic diversity. We identify independent variation in methylation, genotype, and transposon copy number. We show that these, so far unexploited, sources of variation have had a significant impact on the wheat genome and that ancestral methylation states become preferentially “hard coded” as single nucleotide polymorphisms (SNPs) via 5-methylcytosine deamination. These mechanisms also drive local adaption, impacting important traits such as heading date and salt tolerance. Methylation and transposon diversity could therefore be used alongside SNP-based markers for breeding.
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影响因子：
7.7
作者：
Dubin MJ;Zhang P;Meng D;Remigereau MS;Osborne EJ;Paolo Casale F;Drewe P;Kahles A;Jean G;Vilhjálmsson B;Jagoda J;Irez S;Voronin V;Song Q;Long Q;Rätsch G;Stegle O;Clark RM;Nordborg M
通讯作者：
Nordborg M
影响因子：
64.5
作者：
Kawakatsu T;Huang SC;Jupe F;Sasaki E;Schmitz RJ;Urich MA;Castanon R;Nery JR;Barragan C;He Y;Chen H;Dubin M;Lee CR;Wang C;Bemm F;Becker C;O'Neil R;O'Malley RC;Quarless DX;1001 Genomes Consortium;Schork NJ;Weigel D;Nordborg M;Ecker JR
通讯作者：
Ecker JR
影响因子：
--
作者：
Lee SI;Kim NS
通讯作者：
Kim NS
影响因子：
12.3
作者：
Akalin A;Kormaksson M;Li S;Garrett-Bakelman FE;Figueroa ME;Melnick A;Mason CE
通讯作者：
Mason CE
DNA的亚硫酸氢盐测序。
影响因子：
--
作者：
Darst, Russell P;Pardo, Carolina E;Ai, Lingbao;Brown, Kevin D;Kladde, Michael P
通讯作者：
Kladde, Michael P