Epigenomic Diversity in a Global Collection of Arabidopsis thaliana Accessions.
Epigenomic Diversity in a Global Collection of Arabidopsis thaliana Accessions.
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DOI：
10.1016/j.cell.2016.06.044
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发表时间：
2016-07-14
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Ecker JR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kawakatsu T;Huang SC;Jupe F;Sasaki E;Schmitz RJ;Urich MA;Castanon R;Nery JR;Barragan C;He Y;Chen H;Dubin M;Lee CR;Wang C;Bemm F;Becker C;O'Neil R;O'Malley RC;Quarless DX;1001 Genomes Consortium;Schork NJ;Weigel D;Nordborg M;Ecker JR
表观基因组协调基因组的可及性、功能性和三维结构。由于表观遗传变异可以影响转录，从而影响表型，因此它可能有助于适应。在这里，我们报告了来自拟南芥1001个基因组集合的1,107个高质量的单碱基分辨率甲基化组和1,203个转录组。尽管甲基化变异的遗传基础非常复杂，但地理来源是全基因组DNA甲基化水平和表观等位基因引起的基因表达改变的主要预测因素。比较顺反子和表顺反子数据集识别转录因子结合位点，甲基化，核苷酸变异和共表达模块之间的关联。9个最多样化基因组的物理图谱揭示了转座子和其他结构变体如何塑造表观基因组，对免疫基因产生巨大影响。1001表观基因组计划提供了一个全面的资源，用于了解DNA甲基化的变化如何有助于研究最多的模式植物的自然群体中的分子和非分子表型。
The epigenome orchestrates genome accessibility, functionality and three-dimensional structure. Because epigenetic variation can impact transcription and thus phenotypes, it may contribute to adaptation. Here we report 1,107 high-quality single-base resolution methylomes and 1,203 transcriptomes from the 1001 Genomes collection of Arabidopsis thaliana. Although the genetic basis of methylation variation is highly complex, geographic origin is a major predictor of genome-wide DNA methylation levels and of altered gene expression caused by epialleles. Comparison to cistrome and epicistrome datasets identifies associations between transcription factor binding sites, methylation, nucleotide variation and co-expression modules. Physical maps for nine of the most diverse genomes reveals how transposons and other structural variants shape the epigenome, with dramatic effects on immunity genes. The 1001 Epigenomes Project provides a comprehensive resource for understanding how variation in DNA methylation contributes to molecular and non-molecular phenotypes in natural populations of the most studied model plant.
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Ecker, Joseph R.