Open Problems in Extracellular RNA Data Analysis: Insights From an ERCC Online Workshop.
Open Problems in Extracellular RNA Data Analysis: Insights From an ERCC Online Workshop.
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DOI：
10.3389/fgene.2021.778416
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发表时间：
2021
影响因子：
3.7
通讯作者：
Spengler RM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Alexander RP;Kitchen RR;Tosar JP;Roth M;Mestdagh P;Max KEA;Rozowsky J;Kaczor-Urbanowicz KE;Chang J;Balaj L;Losic B;Van Nostrand EL;LaPlante E;Mateescu B;White BS;Yu R;Milosavljevic A;Stolovitzky G;Spengler RM
我们现在知道，当RNA被封装在囊泡中或通过与脂蛋白或RNA结合蛋白结合时，RNA可以在生物流体的恶劣环境中存活。这些胞外RNA（exRNA）在细胞间信号传导中发挥作用，作为疾病的生物标志物，并形成疾病治疗新策略的基础。细胞外RNA通讯联盟（ERCC）举办了为期两天的在线研讨会（2021年4月19日至20日），讨论exRNA数据分析的独特挑战。目标是促进关于最佳实践的开放对话，并讨论该领域的开放问题，最初侧重于小exRNA测序数据。讲习班发言和讨论的录像可查阅（https：//exRNA.org/exRNAdata2021-videos/）。有三个目标受众：生成exRNA测序数据的实验人员，与这些团队合作分析数据的计算和数据科学家，以及该领域的实验和数据科学家。在这里，我们总结了研讨会期间探讨的问题，包括努力开发exRNA数据分析挑战的进展，以使社区参与解决其中一些开放的问题。
We now know RNA can survive the harsh environment of biofluids when encapsulated in vesicles or by associating with lipoproteins or RNA binding proteins. These extracellular RNA (exRNA) play a role in intercellular signaling, serve as biomarkers of disease, and form the basis of new strategies for disease treatment. The Extracellular RNA Communication Consortium (ERCC) hosted a two-day online workshop (April 19–20, 2021) on the unique challenges of exRNA data analysis. The goal was to foster an open dialog about best practices and discuss open problems in the field, focusing initially on small exRNA sequencing data. Video recordings of workshop presentations and discussions are available (https://exRNA.org/exRNAdata2021-videos/). There were three target audiences: experimentalists who generate exRNA sequencing data, computational and data scientists who work with those groups to analyze their data, and experimental and data scientists new to the field. Here we summarize issues explored during the workshop, including progress on an effort to develop an exRNA data analysis challenge to engage the community in solving some of these open problems.
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DOI：
10.1073/pnas.1714397115
发表时间：
2018-06-05
影响因子：
11.1
作者：
Max KEA;Bertram K;Akat KM;Bogardus KA;Li J;Morozov P;Ben-Dov IZ;Li X;Weiss ZR;Azizian A;Sopeyin A;Diacovo TG;Adamidi C;Williams Z;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
影响因子：
14.9
作者：
Fromm, Bastian;Domanska, Diana;Peterson, Kevin J.
通讯作者：
Peterson, Kevin J.
影响因子：
5.8
作者：
Kaczor-Urbanowicz, Karolina Elzbieta;Kim, Yong;Wong, David T. W.
通讯作者：
Wong, David T. W.
影响因子：
64.5
作者：
Srinivasan, Srimeenakshi;Yeri, Ashish;Laurent, Louise C.
通讯作者：
Laurent, Louise C.
影响因子：
16
作者：
Tosar JP;Cayota A;Eitan E;Halushka MK;Witwer KW
通讯作者：
Witwer KW