High-throughput tetrad analysis.
High-throughput tetrad analysis.
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高通量四龙分析。
DOI：
10.1038/nmeth.2479
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发表时间：
2013-07
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Dudley, Aimee M.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ludlow, Catherine L.;Scott, Adrian C.;Cromie, Gareth A.;Jeffery, Eric W.;Sirr, Amy;May, Patrick;Lin, Jake;Gilbert, Teresa L.;Hays, Michelle;Dudley, Aimee M.
几十年来，四分体分析一直是金标准遗传技术。不幸的是，该过程的手动性质使其应用于小规模研究，并限制了其与快速发展的DNA测序技术的整合。我们已经开发了一种快速，高通量的方法，称为条形码使能测序的四分体（BEST），取代了分离，破坏和间隔四分体的手动过程。BEST使用减数分裂特异性GFP融合蛋白，通过荧光激活细胞分选和分子条形码分离四分体，在基因分型期间读取分子条形码，以识别来自相同四分体的孢子。保持四分体的信息可以准确推断缺失的遗传标记和缺失（可能是不可生存的）个体的完整基因型。通过消除人工分离的瓶颈，可以在几分钟内分离出数百甚至数千个四分体。我们在酿酒酵母中证明了这种方法，但BEST很容易转移到微生物中，其中减数分裂作图显着更费力。
Tetrad analysis has been a gold standard genetic technique for several decades. Unfortunately, the manual nature of the process has relegated its application to small-scale studies and limited its integration with rapidly evolving DNA sequencing technologies. We have developed a rapid, high-throughput method, called Barcode Enabled Sequencing of Tetrads (BEST), that replaces the manual processes of isolating, disrupting and spacing tetrads. BEST uses a meiosis-specific GFP fusion protein to isolate tetrads by fluorescence-activated cell sorting and molecular barcodes that are read during genotyping to identify spores derived from the same tetrad. Maintaining tetrad information allows accurate inference of missing genetic markers and full genotypes of missing (and presumably nonviable) individuals. By removing the bottleneck of manual dissection, hundreds or even thousands of tetrads can be isolated in minutes. We demonstrate the approach in Saccharomyces cerevisiae, but BEST is readily transferable to microorganisms in which meiotic mapping is significantly more laborious.
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影响因子：
3.7
作者：
Baird NA;Etter PD;Atwood TS;Currey MC;Shiver AL;Lewis ZA;Selker EU;Cresko WA;Johnson EA
通讯作者：
Johnson EA
影响因子：
64.8
作者：
Mancera, Eugenio;Bourgon, Richard;Brozzi, Alessandro;Huber, Wolfgang;Steinmetz, Lars M.
通讯作者：
Steinmetz, Lars M.
影响因子：
64.5
作者：
Schuldiner, M;Collins, SR;Krogan, NJ
通讯作者：
Krogan, NJ
DOI：
10.1126/science.1189015
发表时间：
2010-04-23
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Dowell RD;Ryan O;Jansen A;Cheung D;Agarwala S;Danford T;Bernstein DA;Rolfe PA;Heisler LE;Chin B;Nislow C;Giaever G;Phillips PC;Fink GR;Gifford DK;Boone C
通讯作者：
Boone C
影响因子：
2.8
作者：
Coluccio, A;Neiman, AM
通讯作者：
Neiman, AM