TSIS: an R package to infer alternative splicing isoform switches for time-series data.
TSIS: an R package to infer alternative splicing isoform switches for time-series data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx411
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发表时间：
2017-10-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhang R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Guo W;Calixto CPG;Brown JWS;Zhang R
选择性剪接异构体转换是一对转录异构体响应于外部或内部刺激而逆转其相对表达丰度的情况。尽管有计算方法可用于研究差异选择性剪接，但用于检测亚型开关的工具很少，而且这些工具都是基于成对比较的。在这里，我们提供了TSIS R包，这是第一个工具，用于检测时间序列数据中的显着转录异构体开关。TSIS的主要步骤是在时间序列中搜索异构开关点，表征开关，并使用用户输入的参数过滤结果。所有的功能都集成到一个闪亮的应用程序中，以便于分析的实施。TSIS包可在GitHub上获得：https://github.com/wyguo/TSIS。
An alternative splicing isoform switch is where a pair of transcript isoforms reverse their relative expression abundances in response to external or internal stimuli. Although computational methods are available to study differential alternative splicing, few tools for detection of isoform switches exist and these are based on pairwise comparisons. Here, we provide the TSIS R package, which is the first tool for detecting significant transcript isoform switches in time-series data. The main steps of TSIS are to search for the isoform switch points in the time-series, characterize the switches and filter the results with user input parameters. All the functions are integrated into a Shiny App for ease of implementation of the analysis. The TSIS package is available on GitHub: https://github.com/wyguo/TSIS.
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