jpHMM at GOBICS: a web server to detect genomic recombinations in HIV-1.
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DOI：
10.1093/nar/gkl255
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发表时间：
2006-07-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Stanke M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang M;Schultz AK;Calef C;Kuiken C;Leitner T;Korber B;Morgenstern B;Stanke M
Detecting recombinations in the genome sequence of human immunodeficiency virus (HIV-1) is crucial for epidemiological studies and for vaccine development. Herein, we present a web server for subtyping and localization of phylogenetic breakpoints in HIV-1. Our software is based on a jumping profile Hidden Markov Model (jpHMM), a probabilistic generalization of the jumping-alignment approach proposed by Spang et al. The input data for our server is a partial or complete genome sequence from HIV-1; our tool assigns regions of the input sequence to known subtypes of HIV-1 and predicts phylogenetic breakpoints. jpHMM is available online at .
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