Spliceosomal introns as tools for genomic and evolutionary analysis.
Spliceosomal introns as tools for genomic and evolutionary analysis.
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DOI：
10.1093/nar/gkn012
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发表时间：
2008-03
影响因子：
14.9
通讯作者：
Roy SW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Irimia M;Roy SW
在过去的5年中，来自各种真核生物谱系的数十个全基因组序列的可用性揭示了真核生物历史中内含子丢失和获得的动力学以及内含子序列的进化。在这些进展中隐含着大量关于周围序列的结构和演化的信息。在这里，我们回顾了剪接体内含子的结构及其在进化过程中的保存和变化，这些方法可以用于进化和基因组分析。首先，我们讨论了内含子长度分布和位置在序列组装和注释中的应用，以及对同源区域比对的改进。其次，我们回顾了内含子在进化研究中的应用，包括内含子作为序列进化速率指标的效用，用于分子进化的推断，作为同源性和相似性的标志，以及用于估计核苷酸取代率。最后，我们讨论了利用内含子序列和位置的系统发育方法。
Over the past 5 years, the availability of dozens of whole genomic sequences from a wide variety of eukaryotic lineages has revealed a very large amount of information about the dynamics of intron loss and gain through eukaryotic history, as well as the evolution of intron sequences. Implicit in these advances is a great deal of information about the structure and evolution of surrounding sequences. Here, we review the wealth of ways in which structures of spliceosomal introns as well as their conservation and change through evolution may be harnessed for evolutionary and genomic analysis. First, we discuss uses of intron length distributions and positions in sequence assembly and annotation, and for improving alignment of homologous regions. Second, we review uses of introns in evolutionary studies, including the utility of introns as indicators of rates of sequence evolution, for inferences about molecular evolution, as signatures of orthology and paralogy, and for estimating rates of nucleotide substitution. We conclude with a discussion of phylogenetic methods utilizing intron sequences and positions.
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影响因子：
12.3
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
56.9
作者：
DARNELL, JE
通讯作者：
DARNELL, JE
影响因子：
10.7
作者：
Dacks, JB;Marinets, A;Logsdon, JM
通讯作者：
Logsdon, JM
DOI：
10.1073/pnas.93.25.14632
发表时间：
1996-12-10
影响因子：
11.1
作者：
deSouza, SJ;Long, M;Gilbert, W
通讯作者：
Gilbert, W
影响因子：
7
作者：
Carmel, Liran;Rogozin, Igor B.;Koonin, Eugene V.
通讯作者：
Koonin, Eugene V.