Multiple conformations are a conserved and regulatory feature of the RB1 5' UTR.
Multiple conformations are a conserved and regulatory feature of the RB1 5' UTR.
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DOI：
10.1261/rna.049221.114
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发表时间：
2015-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Laederach A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kutchko KM;Sanders W;Ziehr B;Phillips G;Solem A;Halvorsen M;Weeks KM;Moorman N;Laederach A
折叠成明确的构象对于结构核糖核酸（rna）如核糖体和tRNA的功能是必不可少的。已知特定信使rna （mrna）的非翻译区（UTRs）中的结构元件控制表达。然而，非结构化区域采用多种构象的重要性仍然知之甚少。对人类视网膜母细胞瘤1 (RB1) 5 ' UTR的高分辨率形状定向玻尔兹曼次优采样产生了与实验数据兼容的三种不同的构象。在两名视网膜母细胞瘤患者中发现的私人单核苷酸变异（snv），每一个都使结构集合崩溃为一个单一但明确定义的构象。牛（Bos taurus）和海牛（trichecchus manatus latirostris）的RB1 5 ' utr序列与人类（H. sapiens）的序列不同，但在高概率碱基对上保持结构相容性。对牛和海牛的RB1 5 '紫外光谱进行形状化学探测，发现它们也具有多种构象。荧光素酶报告基因检测显示，5 ' UTR突变改变RB1的表达。在传统的疾病模型中，致病性snv破坏RNA中的一个关键结构元件。对于RB1 5 ' UTR中遗传性视网膜母细胞瘤相关snv的患者亚群，多种结构的缺失可能是导致癌症的原因。因此，我们的数据表明，选择压力将有利于真核utr中的多种构象来调节表达。
Folding to a well-defined conformation is essential for the function of structured ribonucleic acids (RNAs) like the ribosome and tRNA. Structured elements in the untranslated regions (UTRs) of specific messenger RNAs (mRNAs) are known to control expression. The importance of unstructured regions adopting multiple conformations, however, is still poorly understood. High-resolution SHAPE-directed Boltzmann suboptimal sampling of the Homo sapiens Retinoblastoma 1 (RB1) 5′ UTR yields three distinct conformations compatible with the experimental data. Private single nucleotide variants (SNVs) identified in two patients with retinoblastoma each collapse the structural ensemble to a single but distinct well-defined conformation. The RB1 5′ UTRs from Bos taurus (cow) and Trichechus manatus latirostris (manatee) are divergent in sequence from H. sapiens (human) yet maintain structural compatibility with high-probability base pairs. SHAPE chemical probing of the cow and manatee RB1 5′ UTRs reveals that they also adopt multiple conformations. Luciferase reporter assays reveal that 5′ UTR mutations alter RB1 expression. In a traditional model of disease, causative SNVs disrupt a key structural element in the RNA. For the subset of patients with heritable retinoblastoma-associated SNVs in the RB1 5′ UTR, the absence of multiple structures is likely causative of the cancer. Our data therefore suggest that selective pressure will favor multiple conformations in eukaryotic UTRs to regulate expression.
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影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
影响因子：
14.9
作者：
Anders G;Mackowiak SD;Jens M;Maaskola J;Kuntzagk A;Rajewsky N;Landthaler M;Dieterich C
通讯作者：
Dieterich C
影响因子：
14.9
作者：
Ding, Y;Chan, CY;Lawrence, CE
通讯作者：
Lawrence, CE
影响因子：
16.8
作者：
Burckin, T;Nagel, R;Ares, M
通讯作者：
Ares, M
DOI：
10.1073/pnas.1219988110
发表时间：
2013-04-02
影响因子：
11.1
作者：
Hajdin, Christine E.;Bellaousov, Stanislav;Weeks, Kevin M.
通讯作者：
Weeks, Kevin M.