doRiNA: a database of RNA interactions in post-transcriptional regulation.
doRiNA: a database of RNA interactions in post-transcriptional regulation.
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DOI：
10.1093/nar/gkr1007
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发表时间：
2012-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Dieterich C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Anders G;Mackowiak SD;Jens M;Maaskola J;Kuntzagk A;Rajewsky N;Landthaler M;Dieterich C
在动物中，RNA结合蛋白（RBP）和微小RNA（miRNA）通过与RNA结合来转录后调节几乎所有基因的表达。实验和计算方法的最新进展促进了这些相互作用的转录组范围内的映射。认为RBP和miRNA对靶mRNA的组合作用形成转录后调控密码。我们提供了一个数据库，支持破译这一监管代码的追求。在doRiNA中，我们系统地管理、存储和整合RBP和miRNA的结合位点数据。用户可以自由地对数据进行以靶（mRNA）或调节因子（RBP和/或miRNA）为中心的查看。我们已经实现了一个数据库框架，对于复杂的搜索（例如，要求监管机构的特定组合的所有目标），查询响应时间很短。所有搜索结果都可以与大量其他全基因组数据一起浏览，检查和分析，因为我们的数据库直接链接到UCSC基因组浏览器的本地副本。在撰写本文时，doRiNA包含了人类、小鼠和蠕虫基因组的RBP数据。对于计算miRNA靶位点预测，我们提供了PicTar预测的更新。
In animals, RNA binding proteins (RBPs) and microRNAs (miRNAs) post-transcriptionally regulate the expression of virtually all genes by binding to RNA. Recent advances in experimental and computational methods facilitate transcriptome-wide mapping of these interactions. It is thought that the combinatorial action of RBPs and miRNAs on target mRNAs form a post-transcriptional regulatory code. We provide a database that supports the quest for deciphering this regulatory code. Within doRiNA, we are systematically curating, storing and integrating binding site data for RBPs and miRNAs. Users are free to take a target (mRNA) or regulator (RBP and/or miRNA) centric view on the data. We have implemented a database framework with short query response times for complex searches (e.g. asking for all targets of a particular combination of regulators). All search results can be browsed, inspected and analyzed in conjunction with a huge selection of other genome-wide data, because our database is directly linked to a local copy of the UCSC genome browser. At the time of writing, doRiNA encompasses RBP data for the human, mouse and worm genomes. For computational miRNA target site predictions, we provide an update of PicTar predictions.
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影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
影响因子：
14.9
作者：
Khorshid M;Rodak C;Zavolan M
通讯作者：
Zavolan M
影响因子：
4.3
作者：
Grün D;Wang YL;Langenberger D;Gunsalus KC;Rajewsky N
通讯作者：
Rajewsky N
影响因子：
30.8
作者：
Krek, A;Grun, D;Rajewsky, N
通讯作者：
Rajewsky, N
影响因子：
14.9
作者：
Fujita PA;Rhead B;Zweig AS;Hinrichs AS;Karolchik D;Cline MS;Goldman M;Barber GP;Clawson H;Coelho A;Diekhans M;Dreszer TR;Giardine BM;Harte RA;Hillman-Jackson J;Hsu F;Kirkup V;Kuhn RM;Learned K;Li CH;Meyer LR;Pohl A;Raney BJ;Rosenbloom KR;Smith KE;Haussler D;Kent WJ
通讯作者：
Kent WJ