Analysis of estrogen-regulated enhancer RNAs identifies a functional motif required for enhancer assembly and gene expression.
Analysis of estrogen-regulated enhancer RNAs identifies a functional motif required for enhancer assembly and gene expression.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2022.110944
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发表时间：
2022-06-14
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Kraus, W. Lee
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hou, Tim Y.;Kraus, W. Lee
为了更好地了解非编码增强子RNA（eRNA）的功能，我们利用PRO-cap和RNA测序技术对雌激素受体α（ERα）阳性乳腺癌细胞中雌激素调节的eRNA转录组进行了注释。然后，我们克隆了鉴定的eRNA的一个子集，将它们融合到单个指导RNA上，并使用CRISPR/dCas 9将它们靶向其ERα增强子。在雌激素处理后，一些测试的eRNA通过增加ERα募集和刺激增强子处p300催化的H3 K27乙酰化来调节同源而非异源靶基因的表达。我们发现了一个约40个核苷酸的功能性eRNA调控基序（FERM）存在于许多eRNA中，这是必要的，足以调节基因表达，但不是特异性的激活，雌激素治疗后。FERM与BCAS 2相互作用，BCAS 2是一种在乳腺癌中扩增的RNA结合蛋白。控制癌基因表达的靶向eRNA的异位表达导致细胞增殖增加，证明了eRNA在乳腺癌中的调节潜力。Hou和Kraus表明，一些与sgRNA融合的eRNA可以靶向回其ERα增强子，以刺激ERα募集、p300催化的H3 K27乙酰化和雌激素依赖性靶基因表达。他们在一些eRNA中发现了一个保守的功能性eRNA调控基序（FERM），它介导了功能性eRNA的作用。
To better understand the functions of non-coding enhancer RNAs (eRNAs), we annotated the estrogen-regulated eRNA transcriptome in estrogen receptor α (ERα)-positive breast cancer cells using PRO-cap and RNA sequencing. We then cloned a subset of the eRNAs identified, fused them to single guide RNAs, and targeted them to their ERα enhancers of origin using CRISPR/dCas9. Some of the eRNAs tested modulated the expression of cognate, but not heterologous, target genes after estrogen treatment by increasing ERα recruitment and stimulating p300-catalyzed H3K27 acetylation at the enhancer. We identified a ~40 nucleotide functional eRNA regulatory motif (FERM) present in many eRNAs that was necessary and sufficient to modulate gene expression, but not the specificity of activation, after estrogen treatment. The FERM interacted with BCAS2, an RNA-binding protein amplified in breast cancers. The ectopic expression of a targeted eRNA controlling the expression of an oncogene resulted in increased cell proliferation, demonstrating the regulatory potential of eRNAs in breast cancer. Hou and Kraus show that some eRNAs fused to sgRNAs can be targeted back to their ERα enhancers to stimulate ERα recruitment, p300-catalyzed H3K27 acetylation, and estrogen-dependent target gene expression. They discovered a conserved functional eRNA regulatory motif (FERM) in some eRNAs that mediates the effects of the functional eRNAs.
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影响因子：
64.5
作者：
Hah N;Danko CG;Core L;Waterfall JJ;Siepel A;Lis JT;Kraus WL
通讯作者：
Kraus WL
影响因子：
16.6
作者：
Andersson, Robin;Andersen, Peter Refsing;Sandelin, Albin
通讯作者：
Sandelin, Albin
影响因子：
64.8
作者：
Bertram, Karl;Agafonov, Dmitry E.;Luehrmann, Reinhard
通讯作者：
Luehrmann, Reinhard
影响因子：
4.1
作者：
Hou, Tim Y.;Nandu, Tulip;Kraus, W. Lee
通讯作者：
Kraus, W. Lee
DOI：
10.1073/pnas.1324151111
发表时间：
2014-05-20
影响因子：
11.1
作者：
Hsieh, Chen-Lin;Fei, Teng;Kantoff, Philip W.
通讯作者：
Kantoff, Philip W.