A rapid, extensive, and transient transcriptional response to estrogen signaling in breast cancer cells.
A rapid, extensive, and transient transcriptional response to estrogen signaling in breast cancer cells.
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DOI：
10.1016/j.cell.2011.03.042
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发表时间：
2011-05-13
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Kraus WL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hah N;Danko CG;Core L;Waterfall JJ;Siepel A;Lis JT;Kraus WL
我们利用全球延伸转录测序（GRO - seq）报告了雌激素信号对乳腺癌细胞转录组的即时影响。使用一种新的生物信息学方法对数据进行了分析，该方法使我们能够直接从GRO - seq数据中识别转录本。我们发现雌激素信号以快速、强烈且出乎意料的瞬时方式直接调控转录组中相当大的一部分。除了蛋白质编码基因外，雌激素还调节所有三种RNA聚合酶的分布和活性，以及迄今为止所描述的几乎每一类非编码RNA。我们还鉴定出大量先前未检测到的受雌激素调控的基因间转录本，其中许多位于雌激素受体结合位点附近。总之，我们的研究结果提供了迄今为止对雌激素主要即时效应最全面的测量，并且是理解其他系统中快速信号依赖性转录的资源。
We report the immediate effects of estrogen signaling on the transcriptome of breast cancer cells using Global Run-On and sequencing (GRO-seq). The data were analyzed using a new bioinformatic approach that allowed us to identify transcripts directly from the GRO-seq data. We found that estrogen signaling directly regulates a strikingly large fraction of the transcriptome in a rapid, robust, and unexpectedly transient manner. In addition to protein coding genes, estrogen regulates the distribution and activity of all three RNA polymerases, and virtually every class of non-coding RNA that has been described to date. We also identified a large number of previously undetected estrogen-regulated intergenic transcripts, many of which are found proximal to estrogen receptor binding sites. Collectively, our results provide the most comprehensive measurement of the primary and immediate estrogen effects to date and a resource for understanding rapid signal-dependent transcription in other systems.
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影响因子：
12.3
作者：
Lin CY;Ström A;Vega VB;Kong SL;Yeo AL;Thomsen JS;Chan WC;Doray B;Bangarusamy DK;Ramasamy A;Vergara LA;Tang S;Chong A;Bajic VB;Miller LD;Gustafsson JA;Liu ET
通讯作者：
Liu ET
影响因子：
2.7
作者：
Danko CG;Pertsov AM
通讯作者：
Pertsov AM
影响因子：
30.8
作者：
Carroll, Jason S.;Meyer, Clifford A.;Brown, Myles
通讯作者：
Brown, Myles
影响因子：
56.9
作者：
Farh, KKH;Grimson, A;Bartel, DP
通讯作者：
Bartel, DP
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
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