A Long Fragment Aligner called ALFALFA.
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DOI：
10.1186/s12859-015-0533-0
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发表时间：
2015-05-15
影响因子：
3
通讯作者：
Dawyndt P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Vyverman M;Baets BD;Fack V;Dawyndt P
测序技术的快速发展迫使读数映射器灵活适应更长的读数、不断变化的错误模型、内存障碍和新颖的应用。 ALFALFA 在将长单端和双端读数准确映射到千兆碱基规模参考基因组方面实现了高性能，同时在映射较短读数方面保持了竞争力。其种子和扩展工作流程的基础是从增强的稀疏后缀数组中快速检索超最大精确匹配，并通过灵活的参数调整来平衡性能、内存占用和准确性。 ALFALFA 是开源的，可从 http://alfalfa.ugent.be 获取。本文的在线版本 (doi:10.1186/s12859-015-0533-0) 包含补充材料，可供授权用户使用。
Rapid evolutions in sequencing technology force read mappers into flexible adaptation to longer reads, changing error models, memory barriers and novel applications. ALFALFA achieves a high performance in accurately mapping long single-end and paired-end reads to gigabase-scale reference genomes, while remaining competitive for mapping shorter reads. Its seed-and-extend workflow is underpinned by fast retrieval of super-maximal exact matches from an enhanced sparse suffix array, with flexible parameter tuning to balance performance, memory footprint and accuracy. ALFALFA is open source and available at http://alfalfa.ugent.be. The online version of this article (doi:10.1186/s12859-015-0533-0) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
影响因子：
5.8
作者：
Vyverman, Michael;De Baets, Bernard;Dawyndt, Peter
通讯作者：
Dawyndt, Peter
影响因子：
5.8
作者：
Weese, David;Holtgrewe, Manuel;Reinert, Knut
通讯作者：
Reinert, Knut
影响因子：
12.3
作者：
Mason, Christopher E;Elemento, Olivier
通讯作者：
Elemento, Olivier
影响因子：
12.3
作者：
Langmead B;Trapnell C;Pop M;Salzberg SL
通讯作者：
Salzberg SL