Processed Small RNAs in Archaea and BHB Elements
Processed Small RNAs in Archaea and BHB Elements
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古细菌和 BHB 元素中经过加工的小 RNA
DOI：
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
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通讯作者：
P. Stadler
中科院分区：
文献类型：
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作者：
Sarah J. Berkemer;C. H. Z. Siederdissen;F. Amman;Axel Wintsche;S. Will;I. Hofacker;Sonja J. Prohaska;P. Stadler
凸起-螺旋-凸起（BHB）元件指导古细菌中的酶剪接机制，从trna中剪切内含子，从其主要前体rnas中剪切内含子，并解释了片段编码trna的组装。这种加工途径使内含子序列成为环状RNA。尽管古细菌转录组中含有大量环状小rna，但尚不清楚它们是否大部分或全部是通过bhb依赖性剪接产生的。因此，我们对一组系统发育多样化的古细菌物种的BHB元素进行了全基因组调查，并通过在环状转录本附近寻找BHB样结构来补充这种方法。我们发现除了tRNA内含子外，大多数盒型C/D snorna与BHB元素相关。然而，并不是所有的环状RNA都可以用BHB元素来解释，这表明在古细菌中至少有一种其他的RNA环状化机制在起作用。然而，模式搜索方法无法识别可能成为这种机制特征的共同序列和/或二级结构特征。
Bulge-helix-bulge (BHB) elements guide the enzymatic splicing machinery that in Archaea excises introns from tRNAs, rRNAs from their primary precursor, and accounts for the assembly of piece-wise encoded tRNAs. This processing pathway renders the intronic sequences as circularized RNA species. Although archaeal transcriptomes harbor a large number of circular small RNAs, it remains unknown whether most or all of them are produced through BHB-dependent splicing. We therefore conduct a genome-wide survey of BHB elements of a phylogenetically diverse set of archaeal species and complement this approach by searching for BHB-like structures in the vicinity of circularized transcripts. We find that besides tRNA introns, the majority of box C/D snoRNAs is associated with BHB elements. Not all circularized sRNAs, however, can be explained by BHB elements, suggesting that there is at least one other mechanism of RNA circularization at work in Archaea. Pattern search methods were unable, however, to identify common sequence and/or secondary structure features that could be characteristic for such a mechanism.
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