Tools for Analysis of the Microbiome.
Tools for Analysis of the Microbiome.
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DOI：
10.1007/s10620-020-06091-y
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发表时间：
2020-03
影响因子：
3.1
通讯作者：
Hanson B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Galloway-Peña J;Hanson B
在过去的十年中，非常清楚的是，微生物群是人类健康和疾病的关键因素，因此应该进行研究，以制定创新的治疗策略。元基因组学领域在利用下一代测序技术的进步方面取得了长足的进步，从而能够识别和量化存在于人类样本中的所有微生物。然而，元基因组学领域仍处于初级阶段，特别是在计算分析、统计评估、标准化和验证方面的限制，这是由于队列本身、实验设计和生物信息学工作流程中的巨大差异。本文综述了表征和研究微生物组的方法、技术、计算工具和模型系统。我们还讨论了研究人员在询问微生物组参与健康和疾病时必须考虑的重要因素，以便在进入治疗设计和干预之前建立强有力的结果和机械性见解。
Over the past decade, it has become exceedingly clear that the microbiome is a critical factor in human health and disease, and thus should be investigated to develop innovative treatment strategies. The field of metagenomics has come a long way in leveraging the advances of next generation sequencing technologies resulting in the capability to identify and quantify all microorganisms present in human specimens. However, the field of metagenomics if still in its infancy, specifically in regards to the limitations in computational analysis, statistical assessments, standardization, and validation due to vast variability in the cohorts themselves, experimental design, and bioinformatic workflows. This review summarizes the methods, technologies, computational tools and model systems for characterizing and studying the microbiome. We also discuss important considerations investigators must make when interrogating the involvement of the microbiome in health and disease in order to establish robust results and mechanistic insights before moving into therapeutic design and intervention.
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影响因子：
6
作者：
Bikel S;Valdez-Lara A;Cornejo-Granados F;Rico K;Canizales-Quinteros S;Soberón X;Del Pozo-Yauner L;Ochoa-Leyva A
通讯作者：
Ochoa-Leyva A
影响因子：
48
作者：
Callahan BJ;McMurdie PJ;Rosen MJ;Han AW;Johnson AJ;Holmes SP
通讯作者：
Holmes SP
影响因子：
12.3
作者：
Debelius J;Song SJ;Vazquez-Baeza Y;Xu ZZ;Gonzalez A;Knight R
通讯作者：
Knight R
影响因子：
5.8
作者：
Edgar, Robert C.
通讯作者：
Edgar, Robert C.
DOI：
10.1111/1365-2656.12362
发表时间：
2015-07
期刊：
The Journal of animal ecology
影响因子：
--
作者：
Barwell LJ;Isaac NJ;Kunin WE
通讯作者：
Kunin WE