WebAUGUSTUS--a web service for training AUGUSTUS and predicting genes in eukaryotes.
WebAUGUSTUS--a web service for training AUGUSTUS and predicting genes in eukaryotes.
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DOI：
10.1093/nar/gkt418
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发表时间：
2013-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Stanke M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hoff KJ;Stanke M
蛋白质编码基因的预测是新测序和组装的基因组注释的重要步骤。AUGUSTUS是真核生物基因预测最准确的工具之一。在这里，我们介绍了WebAUGUSTUS，一个用于训练AUGUSTUS和用AUGUSTUS预测基因的Web界面。根据用户的需求，WebAUGUSTUS自动生成训练基因结构。除了基因组文件之外，该步骤还需要具有表达序列标签的文件或具有蛋白质序列的文件。或者，可以提交外部生成的训练基因结构文件和基因组文件。Web服务优化AUGUSTUS参数并使用这些参数预测基因。WebAUGUSTUS可在http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus上获得。
The prediction of protein coding genes is an important step in the annotation of newly sequenced and assembled genomes. AUGUSTUS is one of the most accurate tools for eukaryotic gene prediction. Here, we present WebAUGUSTUS, a web interface for training AUGUSTUS and predicting genes with AUGUSTUS. Depending on the needs of the user, WebAUGUSTUS generates training gene structures automatically. Besides a genome file, either a file with expressed sequence tags or a file with protein sequences is required for this step. Alternatively, it is possible to submit an externally generated training gene structure file and a genome file. The web service optimizes AUGUSTUS parameters and predicts genes with those parameters. WebAUGUSTUS is available at http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus.
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影响因子：
14.9
作者：
Yook K;Harris TW;Bieri T;Cabunoc A;Chan J;Chen WJ;Davis P;de la Cruz N;Duong A;Fang R;Ganesan U;Grove C;Howe K;Kadam S;Kishore R;Lee R;Li Y;Muller HM;Nakamura C;Nash B;Ozersky P;Paulini M;Raciti D;Rangarajan A;Schindelman G;Shi X;Schwarz EM;Ann Tuli M;Van Auken K;Wang D;Wang X;Williams G;Hodgkin J;Berriman M;Durbin R;Kersey P;Spieth J;Stein L;Sternberg PW
通讯作者：
Sternberg PW
影响因子：
5.8
作者：
Stanke, Mario;Waack, Stephan
通讯作者：
Waack, Stephan
影响因子：
14.9
作者：
Schweikert G;Behr J;Zien A;Zeller G;Ong CS;Sonnenburg S;Rätsch G
通讯作者：
Rätsch G
DOI：
10.1073/pnas.1003391107
发表时间：
2010-06-29
影响因子：
11.1
作者：
Stajich, Jason E.;Wilke, Sarah K.;Pukkila, Patricia J.
通讯作者：
Pukkila, Patricia J.
影响因子：
3
作者：
Coghlan A;Fiedler TJ;McKay SJ;Flicek P;Harris TW;Blasiar D;nGASP Consortium;Stein LD
通讯作者：
Stein LD