MOCAT: a metagenomics assembly and gene prediction toolkit.
MOCAT: a metagenomics assembly and gene prediction toolkit.
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MOCAT：一种宏基因组组件和基因预测工具包。
DOI：
10.1371/journal.pone.0047656
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Bork P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kultima JR;Sunagawa S;Li J;Chen W;Chen H;Mende DR;Arumugam M;Pan Q;Liu B;Qin J;Wang J;Bork P
MOCAT是一个高度可配置的模块化管道，用于快速、标准化处理Illumina平台生成的单端或双端测序数据。该管道使用最先进的程序来质量控制，映射和组装来自以数十亿个碱基对深度测序的宏基因组样品的读数，并预测组装的宏基因组上的蛋白质编码基因。对照参考数据库的映射允许读取提取或去除，以及丰度计算。每个处理步骤的相关统计数据可以汇总到多页Excel文档和可查询的SQL数据库中。MOCAT在UNIX机器上运行，并与通常用于处理大型数据集的SGE和PBS排队系统无缝集成。开放源代码和模块化架构允许用户修改或交换在各个处理步骤中使用的程序。在人工的、真实的和模拟的宏基因组上对各个处理步骤和参数进行基准测试和测试，导致所选质量指标的改善。MOCAT可在http://www.bork.embl.de/mocat/免费下载。
MOCAT is a highly configurable, modular pipeline for fast, standardized processing of single or paired-end sequencing data generated by the Illumina platform. The pipeline uses state-of-the-art programs to quality control, map, and assemble reads from metagenomic samples sequenced at a depth of several billion base pairs, and predict protein-coding genes on assembled metagenomes. Mapping against reference databases allows for read extraction or removal, as well as abundance calculations. Relevant statistics for each processing step can be summarized into multi-sheet Excel documents and queryable SQL databases. MOCAT runs on UNIX machines and integrates seamlessly with the SGE and PBS queuing systems, commonly used to process large datasets. The open source code and modular architecture allow users to modify or exchange the programs that are utilized in the various processing steps. Individual processing steps and parameters were benchmarked and tested on artificial, real, and simulated metagenomes resulting in an improvement of selected quality metrics. MOCAT can be freely downloaded at http://www.bork.embl.de/mocat/.
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