Using a periclinal chimera to unravel layer-specific gene expression in plants.
Using a periclinal chimera to unravel layer-specific gene expression in plants.
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DOI：
10.1111/tpj.12250
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发表时间：
2013-09
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bishop GJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Filippis I;Lopez-Cobollo R;Abbott J;Butcher S;Bishop GJ
植物器官由多种细胞类型组成，确定复杂混合物中任何一个细胞或一组细胞中基因的表达水平是很困难的。双子叶植物通常具有三个不同的细胞层：L1、L2 和 L3。 L1 层是构成表皮的单层细胞，L2 层是表皮下的单细胞层，L3 层构成其余的内部细胞。在这里，我们展示了如何通过使用周缘嵌合体来收获器官并表征层特异性表达水平，该嵌合体的L1层来自Solanum pennellii，其L2和L3层来自Solanum lycopersicum。这可以通过测量物种特异性转录本的频率水平来实现。 RNA-seq 分析能够对基因是否在 L1 层或 L2/L3 层中表达进行全基因组评估。从在嵌合体和亲本系中均表达且亲本等位基因之间至少具有一种多态性的 13 277 个基因中，我们鉴定了 382 个基因优先在 L1 中表达，而 L2/L3 中则有 1159 个基因优先表达。基因本体分析表明，许多在 L1 组织中优先表达的基因参与角质和蜡生物合成，而在 L2/L3 组织中优先表达的许多基因与叶绿体过程相关。这些数据表明了此类嵌合体的使用，并提供了有关基因层特异性表达水平的详细信息。
Plant organs are made from multiple cell types, and defining the expression level of a gene in any one cell or group of cells from a complex mixture is difficult. Dicotyledonous plants normally have three distinct layers of cells, L1, L2 and L3. Layer L1 is the single layer of cells making up the epidermis, layer L2 the single cell sub-epidermal layer and layer L3 constitutes the rest of the internal cells. Here we show how it is possible to harvest an organ and characterise the level of layer-specific expression by using a periclinal chimera that has its L1 layer from Solanum pennellii and its L2 and L3 layers from Solanum lycopersicum. This is possible by measuring the level of the frequency of species-specific transcripts. RNA-seq analysis enabled the genome-wide assessment of whether a gene is expressed in the L1 or L2/L3 layers. From 13 277 genes that are expressed in both the chimera and the parental lines and with at least one polymorphism between the parental alleles, we identified 382 genes that are preferentially expressed in L1 in contrast to 1159 genes in L2/L3. Gene ontology analysis shows that many genes preferentially expressed in L1 are involved in cutin and wax biosynthesis, whereas numerous genes that are preferentially expressed in L2/L3 tissue are associated with chloroplastic processes. These data indicate the use of such chimeras and provide detailed information on the level of layer-specific expression of genes.
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影响因子：
7.4
作者：
HEICHEL, GH;ANAGNOSTAKIS, SL
通讯作者：
ANAGNOSTAKIS, SL
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
4.3
作者：
Jacinto, T;McGurl, B;Ryan, CA
通讯作者：
Ryan, CA
影响因子：
48
作者：
Birnbaum, K;Jung, JW;Benfey, PN
通讯作者：
Benfey, PN
影响因子：
11.6
作者：
HUALA, E;SUSSEX, IM
通讯作者：
SUSSEX, IM