Protein identification by 3D OrbiSIMS to facilitate in situ imaging and depth profiling.
Protein identification by 3D OrbiSIMS to facilitate in situ imaging and depth profiling.
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通过3D OrbiSIMS进行蛋白质鉴定，以促进原位成像和深度分析。
DOI：
10.1038/s41467-020-19445-x
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发表时间：
2020-11-17
影响因子：
16.6
通讯作者：
Scurr DJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kotowska AM;Trindade GF;Mendes PM;Williams PM;Aylott JW;Shard AG;Alexander MR;Scurr DJ
在表面的无标记蛋白质表征通常在质谱法之前使用消化和/或基质应用来实现。我们报告的分配未消化的蛋白质在原位表面使用二次离子质谱（西姆斯）。通过气体团簇离子束（GCIB）诱导蛋白质的弹道碎片导致肽裂解产生用于随后的OrbitrapTM分析的片段。在这项工作中，我们注释16个示例蛋白质（高达272 kDa）从头肽测序，并说明这种方法的优点，通过表征蛋白质单层生物芯片和蛋白质在人体皮肤中的深度分布。在表面的无标记蛋白质表征需要在质谱法之前消化或基质应用。在这里，作者报告了通过从头测序在表面分配未消化的蛋白质，并将该方法应用于蛋白质单层生物芯片和通过人类皮肤原位深度分析蛋白质。
Label-free protein characterization at surfaces is commonly achieved using digestion and/or matrix application prior to mass spectrometry. We report the assignment of undigested proteins at surfaces in situ using secondary ion mass spectrometry (SIMS). Ballistic fragmentation of proteins induced by a gas cluster ion beam (GCIB) leads to peptide cleavage producing fragments for subsequent OrbitrapTM analysis. In this work we annotate 16 example proteins (up to 272 kDa) by de novo peptide sequencing and illustrate the advantages of this approach by characterizing a protein monolayer biochip and the depth distribution of proteins in human skin. Label-free protein characterization at surfaces requires digestion or matrix application prior to mass spectrometry. Here, the authors report the assignment of undigested proteins at surfaces by de novo sequencing and apply the methodology to a protein monolayer biochip and for in situ depth profiling of proteins through human skin.
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