Ribosome biogenesis disruption mediated chromatin structure changes revealed by SRAtac, a customizable end to end analysis pipeline for ATAC-seq.
Ribosome biogenesis disruption mediated chromatin structure changes revealed by SRAtac, a customizable end to end analysis pipeline for ATAC-seq.
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DOI：
10.1186/s12864-023-09576-y
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发表时间：
2023-09-01
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
核仁是一个大的核体，是核糖体生物发生的主要场所。最近的研究表明，它在组织染色质结构中也起着重要作用。然而，为了建立核仁核糖体组装和染色质结构之间的因果关系，需要遗传工具来破坏核仁核糖体生物合成。在这项研究中，我们使用ATAC-seq研究了模式生物秀丽隐杆线虫中两种核糖体生物合成组分RPOA-2和GRWD-1特异性耗竭后染色质可及性的变化。为了方便ATAC-seq数据的分析，我们引入了两个工具：SRAlign，一个可扩展的NGS数据处理工作流程，和SRAtac，一个可定制的端到端ATAC-seq分析管道。我们的研究结果显示，在RPOA-2和GRWD-1扰动后，染色质可及性发生了高度可比的变化。然而，我们观察到染色质可及性和基因表达的变化之间的弱相关性。虽然我们的研究结果证实了核糖体RNA合成，核仁核糖体大亚基生物合成和染色质结构之间的反馈机制的想法，在L1阶段的C。虽然这些基因改变与线虫的发育密切相关，但它们也引发了关于这些改变对基因表达的功能影响的问题。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s12864-023-09576-y获得。
The nucleolus is a large nuclear body that serves as the primary site for ribosome biogenesis. Recent studies have suggested that it also plays an important role in organizing chromatin architecture. However, to establish a causal relationship between nucleolar ribosome assembly and chromatin architecture, genetic tools are required to disrupt nucleolar ribosome biogenesis. In this study, we used ATAC-seq to investigate changes in chromatin accessibility upon specific depletion of two ribosome biogenesis components, RPOA-2 and GRWD-1, in the model organism Caenorhabditis elegans. To facilitate the analysis of ATAC-seq data, we introduced two tools: SRAlign, an extensible NGS data processing workflow, and SRAtac, a customizable end-to-end ATAC-seq analysis pipeline. Our results revealed highly comparable changes in chromatin accessibility following both RPOA-2 and GRWD-1 perturbations. However, we observed a weak correlation between changes in chromatin accessibility and gene expression. While our findings corroborate the idea of a feedback mechanism between ribosomal RNA synthesis, nucleolar ribosome large subunit biogenesis, and chromatin structure during the L1 stage of C. elegans development, they also prompt questions regarding the functional impact of these alterations on gene expression. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s12864-023-09576-y.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1073/pnas.1509317112
发表时间：
2015-09-22
影响因子：
11.1
作者：
Berry, Joel;Weber, Stephanie C.;Brangwynne, Clifford P.
通讯作者：
Brangwynne, Clifford P.
影响因子：
11.8
作者：
Kolundzic E;Ofenbauer A;Bulut SI;Uyar B;Baytek G;Sommermeier A;Seelk S;He M;Hirsekorn A;Vucicevic D;Akalin A;Diecke S;Lacadie SA;Tursun B
通讯作者：
Tursun B
影响因子：
11.8
作者：
Cenik, Elif Sarinay;Meng, Xuefeng;Fire, Andrew
通讯作者：
Fire, Andrew
影响因子：
4.6
作者：
Shinkai Y;Kuramochi M;Doi M
通讯作者：
Doi M