Synthesis of Oriented Hexasomes and Asymmetric Nucleosomes Using a Template Editing Process.
Synthesis of Oriented Hexasomes and Asymmetric Nucleosomes Using a Template Editing Process.
复制标题
DOI：
10.1021/jacs.1c12420
复制
发表时间：
2022-02-09
影响因子：
15
通讯作者：
Muir TW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dao HT;Liu H;Mashtalir N;Kadoch C;Muir TW
核小体是染色质的结构构件，具有 2 重假对称性，可以通过差异修饰或去除一对姐妹组蛋白的一个副本来打破这种对称性。由此产生的不对称核小体和六体与基因调控有关，但由于缺乏有效的制备方法，这些非规范底物在染色质生物化学中的使用受到限制。在这里，我们报告了一种策略，允许这些不对称物种相对于底层 DNA 序列的方向得到严格控制。我们的方法基于使用截短的 DNA 模板来组装定向六体，然后进行 DNA 连接，并且在不对称核小体的情况下，添加缺失的异型组蛋白。我们证明这种方法与多个核小体定位序列兼容，允许生成具有不同 DNA 突出端和异型组蛋白 H2A/H2B 二聚体组成的去对称单核小体和寡核小体。利用这项技术，我们研究了不对称性对 BRG1/BRM 相关因子 (BAF) 复合物介导的染色质重塑的功能影响。我们的结果表明，癌症相关的组蛋白突变可以重新编程 BAF 染色质重塑的固有活性，从而诱导异常的染色质结构。
Nucleosomes, the structural building blocks of chromatin, possess 2-fold pseudo symmetry which can be broken through differential modification or removal of one copy of a pair of sister histones. The resultant asymmetric nucleosomes and hexasomes have been implicated in gene regulation, yet the use of these noncanonical substrates in chromatin biochemistry is limited, owing to the lack of efficient methods for their preparation. Here, we report a strategy that allows the orientation of these asymmetric species to be tightly controlled relative to the underlying DNA sequence. Our approach is based on the use of truncated DNA templates to assemble oriented hexasomes followed by DNA ligation and, in the case of asymmetric nucleosomes, addition of the missing heterotypic histones. We show that this approach is compatible with multiple nucleosome positioning sequences, allowing the generation of desymmetrized mononucleosomes and oligonucleosomes with varied DNA overhangs and heterotypic histone H2A/H2B dimer compositions. Using this technology, we examine the functional consequences of asymmetry on BRG1/BRM associated factor (BAF) complex-mediated chromatin remodeling. Our results indicate that cancer-associated histone mutations can reprogram the inherent activity of BAF chromatin remodeling to induce aberrant chromatin structure.
登录
查看更多内容
哺乳动物SWI/SNF复合物的蛋白质组学和生物信息学分析确定了在人类恶性肿瘤中的广泛作用。
影响因子：
30.8
作者：
Kadoch, Cigall;Hargreaves, Diana C.;Hodges, Courtney;Elias, Laura;Ho, Lena;Ranish, Jeff;Crabtree, Gerald R.
通讯作者：
Crabtree, Gerald R.
DOI：
10.1126/science.aac7272
发表时间：
2016-05-13
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Lu C;Jain SU;Hoelper D;Bechet D;Molden RC;Ran L;Murphy D;Venneti S;Hameed M;Pawel BR;Wunder JS;Dickson BC;Lundgren SM;Jani KS;De Jay N;Papillon-Cavanagh S;Andrulis IL;Sawyer SL;Grynspan D;Turcotte RE;Nadaf J;Fahiminiyah S;Muir TW;Majewski J;Thompson CB;Chi P;Garcia BA;Allis CD;Jabado N;Lewis PW
通讯作者：
Lewis PW
影响因子：
16
作者：
Dechassa ML;Sabri A;Pondugula S;Kassabov SR;Chatterjee N;Kladde MP;Bartholomew B
通讯作者：
Bartholomew B
DOI：
10.1073/pnas.0804530105
发表时间：
2008-11-25
影响因子：
11.1
作者：
Li, Shanshan;Shogren-Knaak, Michael A.
通讯作者：
Shogren-Knaak, Michael A.
影响因子：
2.9
作者：
Arimura, Yasuhiro;Tachiwana, Hiroaki;Kurumizaka, Hitoshi
通讯作者：
Kurumizaka, Hitoshi