In silico method for modelling metabolism and gene product expression at genome scale.
In silico method for modelling metabolism and gene product expression at genome scale.
复制标题
DOI：
10.1038/ncomms1928
复制
发表时间：
2012-07-03
影响因子：
16.6
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
转录和翻译使用代谢产生的原材料和能量来创建负责所有细胞功能（包括代谢）的大分子机制。一个生物化学上精确的分子生物学和代谢模型将有助于全面和定量计算生物体的分子构成作为遗传和环境参数的函数。在这里，我们制定了一个模型的代谢和大分子的表达。原型使用简单的微生物海栖热袍菌，我们表明我们的模型准确地模拟细胞组成和基因表达的变化。此外，通过计算机比较转录组学，该模型允许发现新的调节子并改进基因组和转录单位注释。我们的方法提出了一个框架，用于研究分子生物学和细胞生理学在硅片，并可能允许定量解释的背景下，一个有机体的综合生化描述的多组学数据集。
Transcription and translation use raw materials and energy generated metabolically to create the macromolecular machinery responsible for all cellular functions, including metabolism. A biochemically accurate model of molecular biology and metabolism will facilitate comprehensive and quantitative computations of an organism's molecular constitution as a function of genetic and environmental parameters. Here we formulate a model of metabolism and macromolecular expression. Prototyping it using the simple microorganism Thermotoga maritima, we show our model accurately simulates variations in cellular composition and gene expression. Moreover, through in silico comparative transcriptomics, the model allows the discovery of new regulons and improving the genome and transcription unit annotations. Our method presents a framework for investigating molecular biology and cellular physiology in silico and may allow quantitative interpretation of multi-omics data sets in the context of an integrated biochemical description of an organism.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.4
作者：
Feist, Adam M.;Palsson, Bernhard O.
通讯作者：
Palsson, Bernhard O.
影响因子：
5.8
作者：
Kharchenko, Peter;Vitkup, Dennis;Church, George M.
通讯作者：
Church, George M.
影响因子：
46.9
作者：
Canales, Roger D.;Luo, Yuling;Goodsaid, Federico M.
通讯作者：
Goodsaid, Federico M.
模因套件：用于发现和搜索的工具。
影响因子：
14.9
作者：
Bailey TL;Boden M;Buske FA;Frith M;Grant CE;Clementi L;Ren J;Li WW;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
14.9
作者：
Jühling F;Mörl M;Hartmann RK;Sprinzl M;Stadler PF;Pütz J
通讯作者：
Pütz J