Condor-COPASI: high-throughput computing for biochemical networks.
Condor-COPASI: high-throughput computing for biochemical networks.
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DOI：
10.1186/1752-0509-6-91
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发表时间：
2012-07-26
影响因子：
--
通讯作者：
Mendes P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kent E;Hoops S;Mendes P
数学建模已经成为提高我们对复杂生物系统理解的标准技术。随着模型变得更大和更复杂，模拟和分析需要越来越多的计算能力。高吞吐量计算环境中的计算机集群可以帮助提供计算昂贵的模型分析所需的资源。然而，对于没有必要专业知识的用户来说，利用这样的系统可能很困难。我们提出了Condor-COPASI，这是一个基于服务器的软件工具，它集成了生物途径模拟工具COPASI和高通量计算环境Condor。Condor-COPASI提供了一个基于Web的界面，这使得用户可以非常轻松地并行运行多个模型模拟和分析任务。任务被透明地拆分成更小的部分，并提交到秃鹰池中执行。结果输出以多种格式呈现给用户，包括表格和交互式图形显示。秃鹰-COPASI可以有效地利用秃鹰的高吞吐量计算环境，为许多模型模拟和分析任务提供显著的性能提升。秃鹰-COPASI是免费的开源软件，在艺术许可2.0下发布，适合任何可以访问秃鹰池的机构使用。源代码可在http://code.google.com/p/condor-copasi/，上免费下载，以及有关部署和使用的完整说明。
Mathematical modelling has become a standard technique to improve our understanding of complex biological systems. As models become larger and more complex, simulations and analyses require increasing amounts of computational power. Clusters of computers in a high-throughput computing environment can help to provide the resources required for computationally expensive model analysis. However, exploiting such a system can be difficult for users without the necessary expertise. We present Condor-COPASI, a server-based software tool that integrates COPASI, a biological pathway simulation tool, with Condor, a high-throughput computing environment. Condor-COPASI provides a web-based interface, which makes it extremely easy for a user to run a number of model simulation and analysis tasks in parallel. Tasks are transparently split into smaller parts, and submitted for execution on a Condor pool. Result output is presented to the user in a number of formats, including tables and interactive graphical displays. Condor-COPASI can effectively use a Condor high-throughput computing environment to provide significant gains in performance for a number of model simulation and analysis tasks. Condor-COPASI is free, open source software, released under the Artistic License 2.0, and is suitable for use by any institution with access to a Condor pool. Source code is freely available for download at http://code.google.com/p/condor-copasi/, along with full instructions on deployment and usage.
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